Estudio de la quasiespecies del virus de la hepatitis delta: análisis de la región del antígeno delta y de la ribozima
El virus de l’hepatitis delta (VHD) es un virus d’ARN que requereix de l’antigen de superfície del virus de l’hepatitis B (HBsAg) per completar el seu cicle replicatiu. Aquest virus es l’agent etiològic de l’hepatitis delta, la forma més greu d’hepatitis viral en humans, que s’estima que afecta un t...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2020 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/670867 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/670867 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Virus de l'hepatitis delta Virus de la hepatitis delta Hepatitis delta virus Seqüenciació massiva Secuenciación masiva Next generation sequencing Quasiespècies Quasiespecies Quasispecies Ciències de la Salut 578 |
| Sumario: | El virus de l’hepatitis delta (VHD) es un virus d’ARN que requereix de l’antigen de superfície del virus de l’hepatitis B (HBsAg) per completar el seu cicle replicatiu. Aquest virus es l’agent etiològic de l’hepatitis delta, la forma més greu d’hepatitis viral en humans, que s’estima que afecta un total de 15 a 20 milions de persones en tot el món. El genoma del VHD es una molècula d’ARN d’una sola cadena, circular, al voltant de 1700 nucleòtids i de polaritat negativa. Aquest genoma codifica solament una proteïna, l’antigen delta (HDAg), que té dos isoformes (la llarga i la curta) generades gracies a una modificació postranscripcional (desaminació) durant la replicació viral, que canvia el codó 196 de stop (TAG) a l’aminoàcid W (TGG). Aquest procés també es coneix com edició i està catalitzat per la adenosina desaminasa que actua sobre ARN 1 (ADAR-1). A més a més el genoma conte un domini amb activitat enzimàtica capaç de processar al propi genoma (autoescisió), essencial per la replicació viral, la ribozima. L’objectiu principal d’aquesta tesi ha sigut estudiar la quasiespècies del VHD mitjançant seqüenciació massiva (NGS), analitzant la conservació o variabilitat de les regions funcionals del virus, corresponents al HDAg (quantificació de la seva edició) y a la ribozima. En el primer estudi es va incloure una mostra de plasma de 4 pacients amb hepatitis delta crònica, per validar la quantificació de percentatges de poblacions de genomes editats i no editats per NGS, comparant-la amb la metodologia de seqüenciació Sanger dels productes de la clonació. A més a més, es va estudiar la precisió i la sensibilitat de la NGS, utilitzant barreges de diferents proporcions de productes de clonació editats i no editats, i es van observar els patrons de canvis nucleotídics per analitzar si l’edició es un fenomen general que té lloc a tota la regió codificant del HDAg analitzada. Per altra banda, en el segon estudi es van incloure 36 mostres de plasma de 12 pacients amb hepatitis delta crònica y es va analitzar el grau de conservació o variabilitat de la quasiespècies en les regions analitzades del HDAg i de la ribozima. A més a més es va determinar l’existència de patrons de mutacions a nivell aminoacídic en el HDAg. Mitjançant els resultats obtinguts s’ha demostrat que la NGS es una metodologia útil per detectar proporcions de genomes del VHD editats i no editats, més sensible i precisa que la seqüenciació Sanger dels productes de clonació. També s’ha observat que el fenomen d’edició en la regió codificant del HDAg podria no ser exclusiu de la posició d’edició. A més a més els resultats van mostrar que la regió del HDAg es variable i que els patrons de mutacions aminoacídiques generalment podrien estar relacionats amb l’escapament del sistema immunitari, possiblement sense afectar significativament la funcionalitat de les regions del HDAg on es troben. Per últim, s’ha observat que la regió de la ribozima conté un elevat nivell de conservació a la seva seqüència. |
|---|