A systems engineering approach to model, tune and test synthetic gene circuits
La biología sintética se define como la ingeniería de la biología: el (re)diseño y construcción de nuevas partes, dispositivos y sistemas biológicos para realizar nuevas funciones con fines útiles, que se basan en principios elucidados de la biología y la ingeniería. Para facilitar la construcción r...
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| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Fecha de publicación: | 2018 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Politècnica de València (UPV) |
| Repositorio: | RiuNet. Repositorio Institucional de la Universitat Politécnica de Valéncia |
| Idioma: | inglés |
| OAI Identifier: | oai:riunet.upv.es:10251/112725 |
| Acceso en línea: | https://riunet.upv.es/handle/10251/112725 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Synthetic biology control theory multi-objective optimization protein production modeling stochastic systems deterministic systems INGENIERIA DE SISTEMAS Y AUTOMATICA |
| Sumario: | La biología sintética se define como la ingeniería de la biología: el (re)diseño y construcción de nuevas partes, dispositivos y sistemas biológicos para realizar nuevas funciones con fines útiles, que se basan en principios elucidados de la biología y la ingeniería. Para facilitar la construcción rápida, reproducible y predecible de estos sistemas biológicos a partir de conjuntos de componentes es necesario desarrollar nuevos métodos y herramientas. La tesis plantea la optimización multiobjetivo como el marco adecuado para tratar los problemas comunes que surgen en el diseño racional y el ajuste óptimo de los circuitos genéticos sintéticos. Utilizando un enfoque clásico de ingeniería de sistemas, la tesis se centra principalmente en: i) el modelado de circuitos genéticos sintéticos basado en los primeros principios, ii) la estimación de parámetros de modelos a partir de datos experimentales y iii) el ajuste basado en modelos para lograr el desempeño deseado de los circuitos. Se han utilizado dos circuitos genéticos sintéticos de diferente naturaleza y con diferentes objetivos y problemas: un circuito de realimentación de tipo 1 incoherente (I1-FFL) que exhibe la importante propiedad biológica de adaptación, y un circuito de detección de quorum sensing y realimentación (QS/Fb) que comprende dos bucles de realimentación entrelazados -uno intracelular y uno basado en la comunicación de célula a célula- diseñado para regular el nivel medio de expresión de una proteína de interés mientras se minimiza su varianza a través de la población de células. Ambos circuitos han sido analizados in silico e implementados in vivo. En ambos casos, se han desarrollado modelos de estos circuitos basado en primeros principios. Se presta especial atención a ilustrar cómo obtener modelos de orden reducido susceptibles de estimación de parámetros, pero manteniendo el significado biológico. La estimación de los parámetros del modelo a partir de los datos experimentales se considera en diferentes escenarios, tanto utilizando modelos determinísticos como estocásticos. Para el circuito I1-FFL se consideran modelos determinísticos. Aquí, la tesis plantea la utilización de modelos locales utilizando la optimización multiobjetivo para realizar la estimación de parámetros del modelo bajo escenarios con estructura de modelo incompleta. Para el circuito QS/Fb, una estructura controlada por realimentación, el problema tratado es la falta de excitabilidad de las señales. La tesis propone una metodología de estimación en dos etapas utilizando modelos estocásticos. La metodología permite utilizar datos de curso temporal promediados de la población y mediciones de distribución en estado estacionario para una sola célula. El ajuste de circuitos basado en modelos para lograr un desempeño deseado también se aborda mediante la optimización multiobjetivo. Para el circuito QS/Fb se realiza un análisis estocástico completo. La tesis aborda cómo tener en cuenta correctamente tanto el ruido intrínseco como el extrínseco, las dos principales fuentes de ruido en los circuitos genéticos. Se analiza el equilibrio entre ambas fuentes de ruido y el papel que desempeñan en el bucle de realimentación intracelular, y en la realimentación extracelular de toda la población. La principal conclusión es que la compleja interacción entre ambos canales de realimentación obliga al uso de la optimización multiobjetivo para el adecuado ajuste del circuito. En esta tesis además del uso adecuado de herramientas de optimización multiobjetivo, la principal preocupación es cómo derivar directrices para el ajuste in silico de parámetros de circuitos que puedan aplicarse de forma realista in vivo en un laboratorio estándar. Como alternativa al análisis de sensibilidad de parámetros clásico, la tesis propone el uso de técnicas de clustering a lo largo de los frentes de Pareto, relacionando el compr |
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