Aplicación de técnicas de muestreo mejorado en la localización de sitios de unión de proteínas implicadas en patogénesis
El objetivo del presente trabajo fue el de comprobar si se pueden mejorar los resultados de una metodología de docking basada en la solvatación de la proteína diana con cajas pre-equilibradas de ligando solvatado, usando en este caso una modificación centrada en la mejora del muestreo conformacional...
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| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2021 |
| País: | España |
| Institución: | Universidad de Jaén (UJA) |
| Repositorio: | CREA. Colección de recursos educativos abiertos |
| OAI Identifier: | oai:crea.ujaen.es:10953.1/13838 |
| Acceso en línea: | https://hdl.handle.net/10953.1/13838 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | 2390.01 Diseño Design Synthesis New drugs Síntesis Nuevos fármacos |
| Sumario: | El objetivo del presente trabajo fue el de comprobar si se pueden mejorar los resultados de una metodología de docking basada en la solvatación de la proteína diana con cajas pre-equilibradas de ligando solvatado, usando en este caso una modificación centrada en la mejora del muestreo conformacional. Esta metodología, llamada fdMD, se aplicó anteriormente a un conjunto de ligandos y proteínas diana, y ahora se comparan los resultados para dos de los ligandos estudiados entonces. Los resultados para estos dos ligandos, llamados F031 y F035, son diferentes, y también dependientes de los diferentes métodos ensayados, aunque como conclusión general se puede decir que sería necesario aumentar el tiempo de simulación, que éste es dependiente del sistema estudiado, y que los descriptores usados para evaluar los resultados parecen correctos. |
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