Caracterització estructural i funcional de long non-coding RNAs (lncRNAs) en nematodes
Els lncRNA són gens que al no codificar per proteïnes i estar poc conservats a nivell de seqüència, necessiten tècniques d'anàlisis diferents de les utilitzades per estudiar gens que sí que codifiquen proteïnes. Aquest fet suposa un repte i una oportunitat per impulsar l'ús de noves tècniq...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2019 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/97967 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10609/97967 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | lncRNA estructura secundària interacció de proteïnes nematodes estructura secundaria interacción de proteínas nematodos secondary structure structure prediction Bioinformatics -- TFM Bioinformàtica -- TFM Bioinformática -- TFM |
| Sumario: | Els lncRNA són gens que al no codificar per proteïnes i estar poc conservats a nivell de seqüència, necessiten tècniques d'anàlisis diferents de les utilitzades per estudiar gens que sí que codifiquen proteïnes. Aquest fet suposa un repte i una oportunitat per impulsar l'ús de noves tècniques d'anàlisis i aprofundir en el coneixement de les funcions dels lncRNA. A més, la seva funció és desconeguda per la majoria dels lncRNA anotats en l'actualitat, tot i que s'ha descrit la seva importància en el desenvolupament i la seva implicació en diverses malalties com ara càncer. Per això, és important desenvolupar estratègies que ajudin a la seva caracterització funcional. En aquest treball he realitzat diferents estudis per tal d'avaluar aspectes estructurals i funcionals de 514 famílies de lncRNA's obtingudes de 4 espècies de nematodes. En els aspectes estructurals he observat que nombroses famílies presenten motifs conservats però en canvi la seva estructura secundària sembla poc conservada, només les famílies presents en les quatre espècies han presentat enriquiment en conservació estructural. En els aspectes funcionals, m'he enfocat en aquest grup de famílies i he anotat 252 interaccions amb 42 proteïnes diferents amb les quals he realitzat un estudi d'anotació funcional. He pogut observar, que un 74.68% de les proteïnes participen en processos relacionats amb la regulació de l'expressió genètica i que tots els gens dels lncRNAs amb els quals interaccionen es troben en coordenades allunyades. |
|---|