Nucleosome Positioning in Budding Yeast = Posicionamiento de nucleosomas en Saccharomyces cerevisiae
[spa] Nuestro estudio se centra en el posicionamiento de nucleosomas a nivel genómico en levadura, con tal de explorar los factores determinantes de nucleosomas y su plasticidad a lo largo del ciclo celular, así como su relación con la expresión génica basándonos en la cantidad de mARN celular. Enco...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2014 |
| País: | España |
| Institución: | Universidad de Barcelona |
| Repositorio: | Dipòsit Digital de la UB |
| OAI Identifier: | oai:diposit.ub.edu:2445/55471 |
| Acceso en línea: | https://hdl.handle.net/2445/55471 http://hdl.handle.net/10803/145763 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Ciències de la salut Cicle cel·lular Cromatina Saccharomyces cerevisiae Biologia molecular ADN Genètica molecular Epigènesi Medical sciences Cell cycle Chromatin Molecular biology DNA Molecular genetics Epigenesis |
| Sumario: | [spa] Nuestro estudio se centra en el posicionamiento de nucleosomas a nivel genómico en levadura, con tal de explorar los factores determinantes de nucleosomas y su plasticidad a lo largo del ciclo celular, así como su relación con la expresión génica basándonos en la cantidad de mARN celular. Encontramos que las regiones libres de nucleosomas (NFRs en inglés) en 5’ y 3’ contienen propiedades físicas inusuales, las cuales son intrínsecas del ADN genómico. Además, demostramos que estas propiedades físicas actúan sinérgicamente con factores de transcripción para definir las NFRs. Una vez la NFR está definida, el posicionamiento de nucleosomas en torno al inicio de transcripción (TSS en inglés) puede predecirse con modelos estadísticos simples. No obstante, también observamos que los nucleosomas son bastante dinámicos en las regiones distales a 5’NFRs y poseen distintos mecanismos reguladores. Nuestro análisis comparativo acerca de la organización de los nucleosomas reveló que la cromatina de hecho exhibe una configuración distinta debido al reordenamiento dependiente de la replicación en fase S, mostrando una mayor sensibilidad de corte por el enzima MNase y un mayor número de nucleosomas deslocalizados a lo largo del genoma. Adicionalmente, observamos características particulares en fase M, donde la cromatina sufre un mayor grado de compactación. Notablemente, estos cambios en la organización de la cromatina son repentinos y agudos y sólo afectan a algunas regiones del genoma, mientras que la mayoría de genes presentan una conservación del patrón de nucleosomas a lo largo del ciclo celular. El análisis detallado en torno a los orígenes de replicación muestra una NFR más ancha en fase G1, debido a la unión del complejo pre-replicatorio. Una vez se activa el origen, los nucleosomas sólo ocupan parcialmente la NFR, debido a la unión constitutiva del complejo de origen de replicación (ORC en inglés). También proporcionamos evidencias de que los orígenes tempranos tienden a tener una organización nucleosomal más ordenada que los tardíos. Finalmente, ilustramos que los nucleosomas centroméricos poseen un posicionamiento idóneo y asimismo, un ensamblaje distinto. Sin embargo, nuestro análisis también mostró la dinámica de los nucleosomas centroméricos a lo largo del ciclo celular, indicando que de hecho su composición puede oscilar a lo largo del ciclo celular. En conjunto, nuestro detallado estudio proporciona una imagen dinámica del posicionamiento de nucleosomas y sus factores determinantes; nuevos indicios respecto a la organización de la cromatina en regiones reguladoras clave en base al ciclo celular y su conexión con la expresión génica; y finalmente, añade una nueva dimensión a la caracterización de los nucleosomas centroméricos. |
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