The regulatory landscape of Drosophila imaginal disc regeneration

One of the most important questions in regenerative biology is how and when genes change expression to trigger regeneration programs. Resetting of gene expression patterns during injury responses is shaped by the coordinated action of genomic regions that integrate the activity of multiple sequence-...

ver descrição completa

Detalhes bibliográficos
Autor: Vizcaya Molina, Elena
Formato: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2018
País:España
Recursos:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/666641
Acesso em linha:http://hdl.handle.net/10803/666641
Access Level:acceso abierto
Palavra-chave:Regeneració (Biologia)
Regeneración (Biología)
Regeneration (Biology)
Factors de transcripció
Factores de transcripción
Transcription factors
Drosòfila
Drosophila
Ciències Experimentals i Matemàtiques
575
id ES_5cfe694216ac7cafd0dcda99bb69bbf9
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/666641
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
spelling The regulatory landscape of Drosophila imaginal disc regenerationVizcaya Molina, ElenaRegeneració (Biologia)Regeneración (Biología)Regeneration (Biology)Factors de transcripcióFactores de transcripciónTranscription factorsDrosòfilaDrosophilaCiències Experimentals i Matemàtiques575One of the most important questions in regenerative biology is how and when genes change expression to trigger regeneration programs. Resetting of gene expression patterns during injury responses is shaped by the coordinated action of genomic regions that integrate the activity of multiple sequence-specific DNA binding proteins. Using genome-wide approaches to interrogate chromatin function we identify the regulatory elements governing tissue recovery in Drosophila imaginal discs, which show a high regenerative capacity after genetically induced cell death. Our findings indicate a global co-regulation of gene expression as well as the existence of a regeneration program driven by different types of regulatory elements. Novel enhancers acting exclusively in the damaged tissue cooperate with enhancers co-opted from other tissues and developmental stages, and with endogenous enhancers that show increased activity after injury. These enhancers host binding sites for regulatory proteins, including a core set of conserved transcription factors that regulate regeneration across metazoans.Una de les preguntes més freqüents en el camp de la biologia regenerativa és com i quan els gens poden canviar els seus patrons d’expressió per accionar els programes gènics requerits a la regeneració. Durant la resposta al dany, els patrons d’expressió dels gens son re-iniciats, en part, gràcies a la funció coordinada de regions genòmiques reguladores. Aquestes, integren l’activitat de diferents proteïnes d’unió a seqüències específiques de l’ADN. Mitjançant l'ús de tècniques d’anàlisi massiva hem interrogat la funció de la cromatina i hem identificat les regions reguladores encarregades de dur a terme la regeneració dels discos imaginals de Drosophila. Aquests són estructures primordials que presenten una elevada capacitat regenerativa rere la inducció de mort cel·lular per ablació genètica. Els nostres resultats indiquen que durant la regeneració hi ha co-regulació de l’expressió gènica i que els programes regeneratius són orquestrats per diferents classes de regions reguladores. Els novel enhancers actuen exclusivament durant la regeneració i cooperen amb enhancers reclutats d’altres teixits o estadis del desenvolupament, així com amb enhancers endògens que presenten una elevada accessibilitat en resposta al dany. Els tres tipus d’elements reguladors presenten seqüències específiques per proteïnes d’unió l’ADN, incloent un set de factors de transcripció que no només es troba conservat però també requerit a la regeneració a través dels metazoas.Universitat de BarcelonaCorominas, Montserrat (Corominas Guiu)Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística201920192018info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion190 p.application/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10803/666641TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAInglésL'accés als continguts d'aquesta tesi queda condicionat a l'acceptació de les condicions d'ús establertes per la següent llicència Creative Commons: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/6666412026-06-14T12:46:07Z
dc.title.none.fl_str_mv The regulatory landscape of Drosophila imaginal disc regeneration
title The regulatory landscape of Drosophila imaginal disc regeneration
spellingShingle The regulatory landscape of Drosophila imaginal disc regeneration
Vizcaya Molina, Elena
Regeneració (Biologia)
Regeneración (Biología)
Regeneration (Biology)
Factors de transcripció
Factores de transcripción
Transcription factors
Drosòfila
Drosophila
Ciències Experimentals i Matemàtiques
575
title_short The regulatory landscape of Drosophila imaginal disc regeneration
title_full The regulatory landscape of Drosophila imaginal disc regeneration
title_fullStr The regulatory landscape of Drosophila imaginal disc regeneration
title_full_unstemmed The regulatory landscape of Drosophila imaginal disc regeneration
title_sort The regulatory landscape of Drosophila imaginal disc regeneration
dc.creator.none.fl_str_mv Vizcaya Molina, Elena
author Vizcaya Molina, Elena
author_facet Vizcaya Molina, Elena
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)
Corominas, Montserrat (Corominas Guiu)
Universitat de Barcelona. Departament de Genètica, Microbiologia i Estadística
dc.subject.none.fl_str_mv Regeneració (Biologia)
Regeneración (Biología)
Regeneration (Biology)
Factors de transcripció
Factores de transcripción
Transcription factors
Drosòfila
Drosophila
Ciències Experimentals i Matemàtiques
575
topic Regeneració (Biologia)
Regeneración (Biología)
Regeneration (Biology)
Factors de transcripció
Factores de transcripción
Transcription factors
Drosòfila
Drosophila
Ciències Experimentals i Matemàtiques
575
description One of the most important questions in regenerative biology is how and when genes change expression to trigger regeneration programs. Resetting of gene expression patterns during injury responses is shaped by the coordinated action of genomic regions that integrate the activity of multiple sequence-specific DNA binding proteins. Using genome-wide approaches to interrogate chromatin function we identify the regulatory elements governing tissue recovery in Drosophila imaginal discs, which show a high regenerative capacity after genetically induced cell death. Our findings indicate a global co-regulation of gene expression as well as the existence of a regeneration program driven by different types of regulatory elements. Novel enhancers acting exclusively in the damaged tissue cooperate with enhancers co-opted from other tissues and developmental stages, and with endogenous enhancers that show increased activity after injury. These enhancers host binding sites for regulatory proteins, including a core set of conserved transcription factors that regulate regeneration across metazoans.
publishDate 2018
dc.date.none.fl_str_mv 2018
2019
2019
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10803/666641
url http://hdl.handle.net/10803/666641
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 190 p.
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat de Barcelona
publisher.none.fl_str_mv Universitat de Barcelona
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869408969671311360
score 15.300719

Registos relacionados