Dataset de Carcinoma Ductal Infiltrante de mama_Inmunohistoquímica_Supervivencia y mortalidad

Base de datos de 234 pacientes diagnosticadas de Carcinoma Ductal Infiltrante de mama que recoge un estudio observacional retrospectivo de 5 años donde se estudia en primer lugar la presencia o no de recidiva y/o mortalidad durante el período de estudio (5 años), permitiendo establecer variables ind...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autores: Macías García, Laura, Robles Frías, Antonio, García Gutiérrez, Jorge
Tipo de recurso: conjunto de datos
Fecha de publicación:2025
País:España
Institución:Universidad de Sevilla (US)
Repositorio:idUS. Depósito de Investigación de la Universidad de Sevilla
OAI Identifier:oai:idus.us.es:11441/161794.3
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/11441/161794.3
https://doi.org/10.12795/11441/161794.3
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Cáncer de mama
Carcinoma ductal infiltrante
Inmunohistoquímica
Supervivencia
Mortalidad
Breast cancer
Infiltrating ductal carcinoma
Immunohistochemistry
Survival
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Lenguajes y Sistemas Informáticos
CTS949: Biopatología y Estrés Oxidativo
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Ministerio de Economía y Competitividad (MINECO). España
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description Base de datos de 234 pacientes diagnosticadas de Carcinoma Ductal Infiltrante de mama que recoge un estudio observacional retrospectivo de 5 años donde se estudia en primer lugar la presencia o no de recidiva y/o mortalidad durante el período de estudio (5 años), permitiendo establecer variables independentes como la supervivencia y la mortalidad. En segundo lugar, se realiza un estudio y valoración de la expresión de diversos y distintos marcadores inmunohistoquímicos con el objetivo de correlacionar la expresión de cada una de las moléculas de Inmunohistoquímicas, unas con otras, así como, con la intención de obtener resultados concluyentes que apoyen una relación significativa de la expresión de alguna de éstas moléculas con el riesgo de recidiva (tiempo libre de enfermedad), así como con el riesgo de mortalidad (tiempo de supervivencia). El objetivo principal de esta base de datos es: Definir un perfil de biomarcadores inmunohistoquímicos con valor predictivo en el carcinoma ductal infiltrante de mama. El estudio pretende demostrar el posible valor pronóstico de cada molécula, valorándolo en función de la evolución (que vendrá determinada por la recidiva y la mortalidad), así como con factores pronósticos conocidos como: tamaño, edad, estadio inicial, ganglios y grado de Escala Bloom-Richardson y Escala de Nottingham.
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En segundo lugar, se realiza un estudio y valoración de la expresión de diversos y distintos marcadores inmunohistoquímicos con el objetivo de correlacionar la expresión de cada una de las moléculas de Inmunohistoquímicas, unas con otras, así como, con la intención de obtener resultados concluyentes que apoyen una relación significativa de la expresión de alguna de éstas moléculas con el riesgo de recidiva (tiempo libre de enfermedad), así como con el riesgo de mortalidad (tiempo de supervivencia). El objetivo principal de esta base de datos es: Definir un perfil de biomarcadores inmunohistoquímicos con valor predictivo en el carcinoma ductal infiltrante de mama. El estudio pretende demostrar el posible valor pronóstico de cada molécula, valorándolo en función de la evolución (que vendrá determinada por la recidiva y la mortalidad), así como con factores pronósticos conocidos como: tamaño, edad, estadio inicial, ganglios y grado de Escala Bloom-Richardson y Escala de Nottingham.Base de datos en forma de tabla que presenta distintas variables de estudio que se definen a continuación. Definición de variables de estudio y significado del lenguaje numérico empleado: Nota: En la expresión de cada molécula inmunohistoquímica usamos dos sistemas de valoración (numérico y +/-) reflejado cada uno en una columna independiente, porque según algunos estudios se obtiene una mejor correlación con uno que con otro, y viceversa). Si se demuestra correlación con alguno de los sistemas, ése será el elegido en nuestro caso. Nº Caso: Es el número de identificación asignado a cada caso anonimizado. Sexo: Sexo de cada paciente. 0 = Mujer; = Hombres. Edad del diagnóstico: Edad que presentaba cada paciente cuando les fue diagnosticada la enfermedad. Tamaño: Tamaño del tumor (cm): Variable numérica continua. Bloom-Richardson: Escala de Grado de diferenciación tumoral. Valores comprendidos entre 1-9. Nottingham: Escala de Grado de diferenciación tumoral. Valores comprendidos entre 1-3. Ganglios totales: Número de ganglios totales que fueron analizados. Ganglios positivos: Número de ganglios que resultaron ser positivos. (dentro de la totalidad). Nota: En esta columna se entiende que el valor Ganglios positivos = 0, implica que ningún ganglio fue positivo, y por tanto, todos resultaron ser negativos. Así mismo, aquellos que resultaron tener algún ganglio positivo son los que son expresados con numeración > 0. Justificamos esta separación de dos columnas, ya que es importante la relación entre el número de ganglios totales, y el número de ganglios positivos. Ganglios (+/-): Valoración numérica de 0 y 1. 0 = Negativo (es decir, Ningún ganglio positivo, es decir, Todos negativos) 1= Positivo (es decir, alguno de los ganglios totales analizados resultó positivo) N: Estadío en base al número de ganglios totales encontrados y analizados. Se ha traducido a valor numérico, de manera que los valores quedan comprendidos entre 0-3, siguiendo el sistema de estadificación TNM de cáncer de mama. Estadío Inicial: Esta variable hace referencia al estadío clínico oncológico que presenta el tumor, clasificado según el sistema TNM. Se le han otorgado valoración numérica, de la siguiente manera: 1: Estadío Ongológico IA 2: Estadío Ongológico IB 3: Estadío Ongológico IIA 4: Estadío Ongológico IIB 5: Estadío Ongológico IIIA 6: Estadío Ongológico IIIB 7: Estadío Ongológico IIIC 8: Estadío Ongológico IV El estadío inicial presenta dos columnas: una con estadiaje oncológico con números romanos y otra con números arábigos. Recidiva: Valor numérico, en la que vamos a emplear los valores 0 y 1. - 0: NO ha habido recidiva desde que la enfermedad fue diagnosticada por primera vez hasta la fecha de cierre del estudio. - 1: SI ha habido recidiva de la enfermedad desde que ésta fue diagnosticada por primera vez hasta la fecha de cierre del estudio. Mortalidad: Valor numérico, en el que empleamos los valores 0 y 1. - 0: El paciente NO había muerto en el momento de cierre del estudio. - 1: El paciente SI había muerto en el momento en el que se cierra el estudio. E-Cadherina: DOS columnas: a. E-Cadherina Numérica: Valoración numérica otorgada en base al resultado de la inmunohistoquímica. Valores numéricos comprendidos entre 0-12. b. E-Cadherina (+/-) (1/0): Agrupación de los valores numéricos anteriores en grupo + y grupo -. A su vez, +/- se les confiere valor numérico 1 y 0 respectivamente, de la siguiente manera: - 0-5: Negativo: 0 - 6-12: Positivo: 1 Twist: DOS columnas: a. Twist Numérico: Valoración numérica otorgada en base al resultado de la inmunohistoquímica. Valores numéricos comprendidos entre 0-7. b. Twist (+/-) (1/0): Agrupación de los valores numéricos anteriores en + y -, confiriendo a su vez a éstos valores numéricos de 1 y 0 respectivamente, de la siguiente manera: - 0-5: Negativo: 0 - 6-7: Positivo: 1 Survivina: DOS columnas: a. Survivina (valor numérico final): Producto obtenido tras multiplicar valor de Intensidad por valor de Porcentaje de tinción. Obteniendo valores entre 0-12. b. Survivina (+/-) (1/0): - 0: Negativo: 0. - 1-12: Positivo: 1. CD117: DOS columnas: a. CD117 (variable numérica final): Variable numérica correspondiente a la combinación de Intensidad y Porcentaje de tinción: Valores comprendidos entre 0-2. - <10% de expresión: 0 - > o = 10 % de expresión débil-moderada: 1 - > o = 10 % de expresión intensa: 2 b. CD117 (+/-) (1/0): - 0: Negativo: 0. - 1-2: Positivo: 1. CD44: DOS columnas: a. CD44 (valor numérico final): Variable numérica correspondiente al porcentaje de tinción: 0-3 - <5%: 0 - 5-25%: 1 - 25-75%: 2 - >75%: 3 b. CD44 (+/-) (1/0): - 0: Negativo: 0. - 1-3: Positivo: 1. CDX2: DOS columnas: Una expresa el valor neto del porcentaje de expresión de dicha molécula. La otra columna expresa la variable numérica a que equivale dicho porcentaje: - 0-5%: 0 - 6-25%: 1 - 26-50%: 2 - 51-75%: 3 - >75%: 4 RKIP: DOS columnas: a. RKIP (valor numérico final): Suma del grado de Intensidad de tinción, más el grado de Porcentaje de tinción. Resultando valores comprendidos entre: 0-6. b. RKIP (+/débil/-) (2/1/0): - 0-2: Negativo: 0 - 3-4: Debilmente positivo: 1 - 5-6: Positivo: 2. TOPO-IIalfa: DOS columnas: a. TOPO-IIalfa (valor numérico neto del porcentaje de tinción): valores comprendidos entre 0-100. b. TOPO-IIalfa (+/-) (1/0): - < o = 5%: Negativo: 0 - >5%: Positivo: 1 Fascina: DOS columnas: a. Fascina (variable numérica): Producto de multiplicar valor de la Intensidad por valor del Porcentaje de tinción: valores comprendidos entre 0-12. b. Fascina (+/-) (1/0): - 0-2: Negativo: 0. - 3-12: Positivo: 1. ABCG2: DOS columnas: a. ABCG2 (producto final numérico): Producto obtenido tras multiplicar el valor correspondiente a la Intensidad de tinción, por el valor correspondiente a el Porcentaje de tinción. Obtenemos valores comprendidos entre: 0-12. b. ABCG2 (+/-) (1/0): - 0-3: Negativo: 0 - 4-12: Positivo: 1. CK5-6: DOS columnas: a. CK5-6 (variable numérica final): Producto obtenido de multiplicar valor de Intensidad (0-3), por Porcentaje de tinción (0-100). Obteniendo valores comprendidos entre 0-300. b. CK5-6 (+/-) (1/0): - < o = 10: Negativo: 0. - >10: Positivo: 1. CD10: DOS columnas: a. CD10 (variable numérica final): Variable numérica correspondiente a la combinación de Intensidad y Porcentaje de tinción: Valores comprendidos entre 0-2. - No tinción: tinción nula: 0. - Tinción Débil o <30% intensa: 1. - Tinción intensa: > o = 30% intensa: 2. b. CD10 (+/-) (1/0): - 0: Negativo: 0. - 1-2: Positivo: 1. FOXA (HNF-3a): DOS columnas: a. FOXA (producto final numérico): Producto obtenido tras multiplicar el valor correspondiente a la Intensidad de tinción, por el valor correspondiente al Porcentaje de tinción. Obtenemos valores comprendidos entre: 1-30. b. FOXA (+/-) (1/0): - Baja expresión: 1-3: Negativo: 0. - Alta expresión: 4-30: Positivo: 1. Estrógenos: DOS columnas: a. Estrógenos (variable numérica final): Suma del valor de Intensidad (0-3), más valor de Porcentaje (0-5). Obteniendo valores comprendidos entre: 0-8. b. Estrógenos (+/-) (1/0): - 0-2: Negativo: 0. - 3-8: Positivo: 1. Progesterona: DOS columnas: a. Progesterona (variable numérica final): Suma del valor de Intensidad (0-3), más valor de Porcentaje (0-5). Obteniendo valores comprendidos entre: 0-8. b. Progesterona (+/-) (1/0): - 0-2: Negativo: 0. - 3-8: Positivo: 1. Ki67: DOS columnas: a. Ki67 (porcentaje): Porcentaje de células que expresan esta molécula: 1-100 b. Ki67 (+/-) (1/0): <o= 15: Negativo: 0 >15: Positivo: 1 Her-2: DOS columnas: a. Her-2 (variable numérica): Valor equivalente a la combinación de Intensidad y Porcentaje. Valores comprendidos entre: 0-3. b. Her-2 (+/-) (1/0): - 0-1: Negativo: 0. - 2-3: Positivo: 1. P53: DOS columnas: a. P53 (valor neto del porcentaje de expresión). Valores comprendidos entre 0-100. b. P53 (+/-) (1/0): - < o = 10: Negativo: 0. - >10: Positivo: 1. CXCR4: TRES columnas: a. CXCR4-citoplasmática (numérica): Se otorga variable numérica (0-3) en base a la intensidad de la tinción. b. CXCR4-citoplasmática (+/-): Correspondencia de las variables numéricas anteriores con negativo o positivo: - 0 y 1: Negativo: 0. - 2 y 3: Positivo: 1. c. CXCR4-nuclear (+/-): Representa la tinción nuclear o ausencia de la misma: - No tinción: Negativo: 0. - Tinción: Positivo: 1. Caveolina: DOS columnas: a. Caveolina (Valor numérico): 0-2 b. Caveolina: (+/-) (1/0): - 0: Negativo: 0 - 1-2: Positivo: 1 Perfil Molecular: Clasificación de los tipos de Cáncer de mama, en base a su perfil molecular, en cinco grupos: 1: Luminal A. 2: Luminal B (Her2 negativo) 3: Luminal B (Her2 positivo) 4: Her2 positivo (no luminal) 5: Triple negativo.Citología e Histología Normal y PatológicaLenguajes y Sistemas InformáticosCTS949: Biopatología y Estrés OxidativoTIC134: Sistemas InformaticosMinisterio de Economía y Competitividad (MINECO). EspañaMacías García, LauraMacías García, LauraMacías García, LauraGarcía Gutiérrez, Jorge2025info:eu-repo/semantics/datasetDatasetDatasetapplication/vnd.openxmlformats-officedocument.spreadsheetml.sheethttps://hdl.handle.net/11441/161794.3https://doi.org/10.12795/11441/161794.3reponame:idUS. Depósito de Investigación de la Universidad de Sevillainstname:Universidad de Sevilla (US)EspañolMacías García, L., Luna Romera, J.M., García Gutiérrez, J., Martínez Ballesteros, M.d.M., Riquelme Santos, J.C. y González Cámpora, R. (2017). A study of the suitability of autoencoders for preprocessing data in breast cancer experimentation. Journal of Biomedical Informatics, 72 (August 2017), 33-44. https://doi.org/10.1016/j.jbi.2017.06.020.https://idus.us.es/handle/11441/132061TIN2014-55894-C2-1-Rinfo:eu-repo/semantics/openAccessoai:idus.us.es:11441/161794.32026-06-17T12:51:07Z
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