Variability and diversity in the skin of healthy dogs: microbiome, genome and environment
En la darrera dècada han incrementat molt els estudis del microbioma –conjunt de microbis que habiten un microhàbitat comú– gràcies a la millora de les tècniques de seqüenciació massiva. Aquesta nova manera d’analitzar les comunitats microbianes ha permès detectar una gran diversitat abans ignorada...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2017 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/456687 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/456687 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Microbiota Gos Perro Dog Pell Piel Skin Ciències de la Salut 575 |
| Sumario: | En la darrera dècada han incrementat molt els estudis del microbioma –conjunt de microbis que habiten un microhàbitat comú– gràcies a la millora de les tècniques de seqüenciació massiva. Aquesta nova manera d’analitzar les comunitats microbianes ha permès detectar una gran diversitat abans ignorada en infinitat d’ambients diferents, entre ells diferents parts del cos. El microbioma associat a certes parts del cos presenta un gran interès per la seva interacció amb les cèl·lules i la immunitat de l’hoste. En un estat normal, aquestes interaccions microbioma –hoste promouen la salut de l’individu. En canvi, en una patologia, aquestes interaccions es troben alterades. L’objectiu d’aquesta tesis és definir la variabilitat pròpia del gos sa, principalment a nivell de microbioma cutani però també en immunitat innata. Per tal d’aconseguir aquest objectiu utilitzem tècniques de seqüenciació massiva i procedim a: i) caracteritzar la immunitat innata dels gossos sans a nivell de polimorfisme en Toll-like Receptors –primers sensors de patògens; ii) caracteritzar el microbioma de la pell en dues cohorts de gossos sans; iii) provar la seqüenciació de tercera generació (single-molecule seqüencing) per nanopors aplicada a la caracterització del microbioma. S’ha caracteritzat la diversitat genètica del Toll-like Receptors en una població d’estudi amplia per representar la gran diversitat genètica pròpia de les espècies de cànids (set races diferents de gossos i dues poblacions de llops). S’han descobert noves variants genètiques, i s’han detectat d’altres prèviament identificades. S’ha dissenyat i validat un xip de genotipatge individual amb 64 sondes per detectar algunes de les variants amb possible efecte a la proteïna (mutacions no sinònimes), ja que són les que poden estar afectant a la resposta immunitària. El microbioma de la pell en gossos sans s’ha avaluat en 8 regions diferents de la pell i en dues cohorts de gossos sans. S’han inclòs diferents regions representatives de la diversitat cutània i se n’han pogut determinar certes característiques comunes. Entre totes les regions de la pell incloses, la cara interna del pavelló auricular és la que presenta valors més grans de diversitat mentre que la regió perianal i nasal les que presenten valors més baixos. Tot i això, hem detectat que les diferents regions cutànies són més semblants en un mateix individu, tan en gossos d’ambient diferents com en gossos vivint en un mateix espai i interaccionant entre ells. Per tant, l’efecte individual és el factor més determinant tan de l’estructura com de composició del microbioma de la pell dels gossos. Hem d’entendre aquest efecte individual, com un conjunt entre l’hoste, el seu ambient i el seu comportament. Finalment, hem provat una nova estratègia per caracteritzar el microbioma basada en la seqüenciació de tercera generació per nanopors. L’estratègia més usual en l’estudi de microbioma està basada en la seqüenciació d’un gen marcador de bacteris i arqueobacteris (16S rRNA) utilitzant fragments curts i seqüenciadors de segona generació. La seqüenciació de ii tercera generació (single-molecule seqüencing) permet seqüenciar fragments més llargs d’ADN, permeten analitzar tot el gen marcador sencer. Tot i la baixa precisió de la tècnica escollida, hem detectat encara més diversitat en la pell dels gossos i hem pogut assignar la taxonomia a nivells inferiors. La tecnologia avaluada té molt de potencial, però probablement altres aproximacions experimentals donarien resultats més satisfactoris en l’estudi del microbioma mitjançant gens marcadors. En conclusió, s’han pogut ampliar els coneixements en la variabilitat pròpia del gos sa sobretot a nivell de microbioma de la pell, però també en immunitat innata. Per altra banda, aquest projecte de Doctorat Industrial conjunt amb Vetgenomics ha permès obrir i posar a punt una nova línia estratègica a l’empresa. |
|---|