Diagnòstic microbiològic i epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida

La malaltia més freqüent que afecta l’espècie humana és la produïda pels virus respiratoris. La seva ràpida identificació millora l’ús d’antimicrobians, redueix exploracions innecessàries, la duració de l’estància hospitalària, i ajuda a limitar la transmissió viral entre altres avantatges. Encara q...

ver descrição completa

Detalhes bibliográficos
Autor: Bernet Sánchez, Albert
Formato: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2023
País:España
Recursos:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/696084
Acesso em linha:http://hdl.handle.net/10803/696084
Access Level:acceso abierto
Palavra-chave:Virus respiratoris
Virus Respiratori Sincitial
Lleida
Virus respiratorios
Virus Respiratorio Sincitial
Lérida
Respiratory viruses
Respiratory Syncytial Virus
Microbiologia
579
id ES_4511f39bc49892dde3ef38e4d4d15dff
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/696084
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Diagnòstic microbiològic i epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida
title Diagnòstic microbiològic i epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida
spellingShingle Diagnòstic microbiològic i epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida
Bernet Sánchez, Albert
Virus respiratoris
Virus Respiratori Sincitial
Lleida
Virus respiratorios
Virus Respiratorio Sincitial
Lérida
Respiratory viruses
Respiratory Syncytial Virus
Microbiologia
579
title_short Diagnòstic microbiològic i epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida
title_full Diagnòstic microbiològic i epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida
title_fullStr Diagnòstic microbiològic i epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida
title_full_unstemmed Diagnòstic microbiològic i epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida
title_sort Diagnòstic microbiològic i epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida
dc.creator.none.fl_str_mv Bernet Sánchez, Albert
author Bernet Sánchez, Albert
author_facet Bernet Sánchez, Albert
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Bellés Bellés, Alba
Solé Mir, Eduard
Trujillano Cabello, Javier
dc.subject.none.fl_str_mv Virus respiratoris
Virus Respiratori Sincitial
Lleida
Virus respiratorios
Virus Respiratorio Sincitial
Lérida
Respiratory viruses
Respiratory Syncytial Virus
Microbiologia
579
topic Virus respiratoris
Virus Respiratori Sincitial
Lleida
Virus respiratorios
Virus Respiratorio Sincitial
Lérida
Respiratory viruses
Respiratory Syncytial Virus
Microbiologia
579
description La malaltia més freqüent que afecta l’espècie humana és la produïda pels virus respiratoris. La seva ràpida identificació millora l’ús d’antimicrobians, redueix exploracions innecessàries, la duració de l’estància hospitalària, i ajuda a limitar la transmissió viral entre altres avantatges. Encara que la majoria produeixen escassa morbimortalitat, alguns d’ells poden produir bronquitis, bronquiolitis o pneumònia. Aquesta tesi està formada per 3 tipus d’estudis diferenciats: L’objectiu del primer estudi ha sigut estudiar l’epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida. Es van analitzar 12.154 mostres en el laboratori de microbiologia de l’Hospital Universitari Arnau de Vilanova de Lleida (HUAV) entre 2016 i 2020. En el 48,3% d’aquestes mostres només es va realitzar l’estudi de Virus de la Grip A, Virus de la Grip B, i Virus respiratori sincitial (VRS). En la resta de mostres (n = 6.288) es van analitzar la totalitat de virus. En el 71,1% es va detectar algun virus, essent el Rhinovirus (HRV) el més freqüent (23,25%). A partir del confinament per SARS-CoV-2 van deixar de circular tots els virus fins el final de 2020 on van reaparèixer el HRV i l’Adenovirus. En el 32,6% de les mostres positives es va detectar un mínim de 2 virus, essent els més prevalents en codeteccions el Bocavirus i el Parechovirus. En el segon estudi s’ha pretès comparar dos tècniques comercials de RT-PCR múltiple per la detecció de virus respiratoris. Es van processar 257 mostres paral·lelament i el coeficient de concordança va ser elevat (κ 0,804). Allplex respiratory panel (Seegene) va detectar més HRV i LightMix (TIB Molbiol) va detectar més Metaneumovirus. L’última part de la tesi estudia si la codetecció del VRS i altres virus respiratoris afecta a la gravetat de les bronquiolitis en comparació amb la monodetecció del VRS. Es va realitzar un estudi prospectiu des de 2016 a 2019 incloent a pacients menors de 2 anys que van acudir a urgències de l’HUAV. Durant el període d’estudi es van diagnosticar 437 bronquiolitis per VRS. El 45,5% d’aquestes van presentar codetecció amb un altre virus respiratori. L’anàlisi bivariant de les dades no va mostrar diferencies estadísticament significatives entre els dos grups. La codetecció viral en pacients pediàtrics és freqüent però no sembla afectar a la gravetat d’aquesta infecció.
publishDate 2023
dc.date.none.fl_str_mv 2023
2025
2025
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10803/696084
url http://hdl.handle.net/10803/696084
dc.language.none.fl_str_mv Español
language_invalid_str_mv Español
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 281 p.
application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869407136989052928
spelling Diagnòstic microbiològic i epidemiologia dels virus respiratoris a la província de LleidaBernet Sánchez, AlbertVirus respiratorisVirus Respiratori SincitialLleidaVirus respiratoriosVirus Respiratorio SincitialLéridaRespiratory virusesRespiratory Syncytial VirusMicrobiologia579La malaltia més freqüent que afecta l’espècie humana és la produïda pels virus respiratoris. La seva ràpida identificació millora l’ús d’antimicrobians, redueix exploracions innecessàries, la duració de l’estància hospitalària, i ajuda a limitar la transmissió viral entre altres avantatges. Encara que la majoria produeixen escassa morbimortalitat, alguns d’ells poden produir bronquitis, bronquiolitis o pneumònia. Aquesta tesi està formada per 3 tipus d’estudis diferenciats: L’objectiu del primer estudi ha sigut estudiar l’epidemiologia dels virus respiratoris a la província de Lleida. Es van analitzar 12.154 mostres en el laboratori de microbiologia de l’Hospital Universitari Arnau de Vilanova de Lleida (HUAV) entre 2016 i 2020. En el 48,3% d’aquestes mostres només es va realitzar l’estudi de Virus de la Grip A, Virus de la Grip B, i Virus respiratori sincitial (VRS). En la resta de mostres (n = 6.288) es van analitzar la totalitat de virus. En el 71,1% es va detectar algun virus, essent el Rhinovirus (HRV) el més freqüent (23,25%). A partir del confinament per SARS-CoV-2 van deixar de circular tots els virus fins el final de 2020 on van reaparèixer el HRV i l’Adenovirus. En el 32,6% de les mostres positives es va detectar un mínim de 2 virus, essent els més prevalents en codeteccions el Bocavirus i el Parechovirus. En el segon estudi s’ha pretès comparar dos tècniques comercials de RT-PCR múltiple per la detecció de virus respiratoris. Es van processar 257 mostres paral·lelament i el coeficient de concordança va ser elevat (κ 0,804). Allplex respiratory panel (Seegene) va detectar més HRV i LightMix (TIB Molbiol) va detectar més Metaneumovirus. L’última part de la tesi estudia si la codetecció del VRS i altres virus respiratoris afecta a la gravetat de les bronquiolitis en comparació amb la monodetecció del VRS. Es va realitzar un estudi prospectiu des de 2016 a 2019 incloent a pacients menors de 2 anys que van acudir a urgències de l’HUAV. Durant el període d’estudi es van diagnosticar 437 bronquiolitis per VRS. El 45,5% d’aquestes van presentar codetecció amb un altre virus respiratori. L’anàlisi bivariant de les dades no va mostrar diferencies estadísticament significatives entre els dos grups. La codetecció viral en pacients pediàtrics és freqüent però no sembla afectar a la gravetat d’aquesta infecció.La enfermedad más común que afecta a la especie humana es la producida por los virus respiratorios. La rapidez en su identificación mejora el uso de antibióticos, reduce exploraciones innecesarias, la duración de la estancia hospitalaria y ayuda a limitar la transmisión viral. Aunque la mayoría de estos virus causan cuadros de baja morbimortalidad, algunos de ellos pueden causar bronquitis, bronquiolitis o neumonía. Esta tesis está divida en tres estudios diferenciados: El objetivo del primer estudio fue estudiar la epidemiología de los virus respiratorios en la provincia de Lleida. Se analizaron 12.154 muestras en el laboratorio de microbiología del Hospital Universitari Arnau de Vilanova de Lleida (HUAV) entre 2016 y 2020. En el 48,3% de estas muestras únicamente se realizó el estudio de Virus de la Gripe A, Gripe B y Virus Respiratorio Sincitial (VRS). En el resto (n = 6.288) se estudió la presencia de todos los virus. En el 71,1% de las muestras al menos se detectó un virus siendo el Rhinovirus (HRV) el más frecuente (23,25%). A partir del confinamiento por el SARS-CoV-2, dejaron de circular todos los virus hasta final de 2020 cuando reaparecieron el HRV y Adenovirus. En el 32,6% de las muestras positivas se detectó más de un virus, siendo los más prevalentes en las codetecciones el Bocavirus y Parechovirus. En el segundo estudio se compararon dos técnicas comerciales de RT-PCR múltiple para la detección de virus respiratorios. Se procesaron 257 muestras paralelamente y el coeficiente de concordancia fue alto (κ 0,804). Allplex respiratory panel (Seegene) detectó más HRV y LightMix (TIB Molbiol) detectó más Metaneumovirus. El objetivo de la última parte de esta tesis fue estudiar si la codetección de VRS y otros virus respiratorios afecta a la gravedad de las bronquiolitis en comparación con la mono-detección de VRS. Se realizó un estudio prospectivo en el que se incluyeron menores de 2 años que acudieron a Urgencias del HUAV (2016-2019). Durante el periodo de estudio se incluyeron 437 casos de bronquiolitis por VRS y el 45,5% presentaron codetección viral. El análisis bivariante de los datos no mostró diferencias estadísticamente significativas en la gravedad del cuadro entre los dos grupos. La codetección viral en pacientes pediátricos es frecuente, pero no parece afectar la gravedad de esta infección.Respiratory viral infections are the most frequent infectious diseases that affects humans. Their rapid identification improves the use of antibiotics, reduces unnecessary tests and hospital stays, and helps to limit viral transmission. Although most of these viruses result in infections with low morbidity and mortality, some of them can lead to bronchitis, bronchiolitis or pneumonia. This thesis consists of three different studies: The aim of the first study was to describe the epidemiology of respiratory viruses in the province of Lleida. A total of 12,154 samples were analysed at the microbiology laboratory of the Hospital Universitari Arnau de Vilanova (HUAV) between 2016 and 2020. In the 48.3% of the samples only the study of Influenza A Virus, Influenza B Virus and Respiratory Syncytial Virus (RSV) was performed. In the remaining samples (n = 6,288), the presence of all viruses was analysed. At least one virus was detected in 71.1% of these samples, being Rhinovirus (HRV) the most frequent (23.25%). During SARS-Cov-2 lockdown, all viruses disappeared until the latter 2020 when HRV and Adenovirus reappeared. Two or more viruses were detected in the 32.6% of the positive samples. Bocavirus and Parechovirus were the most prevalent respiratory viruses in co-detections. The objective of the second study was to compare two commercial multiplex RT-PCR techniques for the detection of respiratory viruses. For that, 257 samples were processed and the agreement coefficient was high (κ 0,804). Allplex respiratory panel (Seegene) detected more HRV in samples while LightMix (TIB Molbiol) detected more Metapneumovirus. The final part of this thesis examined whether co-detection of RSV and other respiratory viruses could affect the severity of bronchiolitis comparing with unique RSV detection. A prospective study from 2016 to 2019 including children under 2 years who were admitted in the Emergency Service (HUAV) was performed. During the period of study, 437 RSV bronchiolitis were diagnosed. In the 45.5% of the cases, another respiratory virus was detected. Bivariant analyses do not show statistically significant differences between both groups. Viral co-detection in patients with RSV bronchiolitis is frequent. However, it does not seems to affect the severity of this infection.Bellés Bellés, AlbaSolé Mir, EduardTrujillano Cabello, Javier202520252023info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion281 p.application/pdfhttp://hdl.handle.net/10803/696084TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAEspañolADVERTIMENT. Tots els drets reservats. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/6960842026-06-14T12:46:07Z
score 15,811543

Registos relacionados