Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]

Sequencing data from various tissues of European seabass (Dicentrarchus labrax).-- Accession: PRJNA1103406. Data Type:Raw sequence reads

Detalhes bibliográficos
Autores: Sánchez Baizán, Núria, Herlin, Marine, Millán, Adrián, Martínez, Paulino, López-Belluga, María, Piferrer, Francesc
Formato: conjunto de datos
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2020
País:España
Recursos:Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
Repositorio:DIGITAL.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC
OAI Identifier:oai:digital.csic.es:10261/424925
Acesso em linha:http://hdl.handle.net/10261/424925
https://doi.org/10.20350/digitalCSIC/18203
Access Level:acceso abierto
Palavra-chave:RRBS
DNA methylation
Gonads
Gametes
Epigenetic biomarkers
http://metadata.un.org/sdg/14
Conserve and sustainably use the oceans, seas and marine resources for sustainable development
id ES_3f5962da9033f4545f0910d3e2fa0cae
oai_identifier_str oai:digital.csic.es:10261/424925
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]
title Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]
spellingShingle Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]
Sánchez Baizán, Núria
RRBS
DNA methylation
Gonads
Gametes
Epigenetic biomarkers
http://metadata.un.org/sdg/14
Conserve and sustainably use the oceans, seas and marine resources for sustainable development
title_short Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]
title_full Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]
title_fullStr Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]
title_full_unstemmed Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]
title_sort Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]
dc.creator.none.fl_str_mv Sánchez Baizán, Núria
Herlin, Marine
Millán, Adrián
Martínez, Paulino
López-Belluga, María
Piferrer, Francesc
author Sánchez Baizán, Núria
author_facet Sánchez Baizán, Núria
Herlin, Marine
Millán, Adrián
Martínez, Paulino
López-Belluga, María
Piferrer, Francesc
author_role author
author2 Herlin, Marine
Millán, Adrián
Martínez, Paulino
López-Belluga, María
Piferrer, Francesc
author2_role author
author
author
author
author
dc.contributor.none.fl_str_mv Agencia Estatal de Investigación (España)
European Maritime and Fisheries Fund
Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (España)
Ministerio de Ciencia e Innovación (España)
Sánchez Baizán, Núria [0000-0002-3722-5188]
Herlin, Marine [0000-0001-8563-7120]
Millán, Adrián [0000-0003-2914-3067]
Martínez, Paulino [0000-0001-8438-9305]
López-Belluga, María [0009-0005-2651-4100]
Piferrer, Francesc [0000-0003-0903-4736]
Sánchez Baizán, Núria
Piferrer, Francesc
Consejo Superior de Investigaciones Científicas [https://ror.org/02gfc7t72]
dc.subject.none.fl_str_mv RRBS
DNA methylation
Gonads
Gametes
Epigenetic biomarkers
http://metadata.un.org/sdg/14
Conserve and sustainably use the oceans, seas and marine resources for sustainable development
topic RRBS
DNA methylation
Gonads
Gametes
Epigenetic biomarkers
http://metadata.un.org/sdg/14
Conserve and sustainably use the oceans, seas and marine resources for sustainable development
description Sequencing data from various tissues of European seabass (Dicentrarchus labrax).-- Accession: PRJNA1103406. Data Type:Raw sequence reads
publishDate 2020
dc.date.none.fl_str_mv 2020
2026
2026
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/dataset
http://purl.org/coar/resource_type/c_ddb1
Publisher's version
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format dataset
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10261/424925
https://doi.org/10.20350/digitalCSIC/18203
url http://hdl.handle.net/10261/424925
https://doi.org/10.20350/digitalCSIC/18203
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.relation.none.fl_str_mv #PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE#
#PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE#
#PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE#
info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/PID2019-108888RB-I00
info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2021-2023/PID2022-139096OB-I00
info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/BES-2017-079744
Sánchez Baizán, Núria; Herlin, Marine; Millán, Adrián; Martínez, Paulino; López-Belluga, María; Piferrer, Francesc. A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production. Environmental Epigenetics 11(1): dvaf027 (2025). https://doi.org/10.1093/eep/dvaf027. http://hdl.handle.net/10261/411478
FASTQ
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1103406/

dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv National Center for Biotechnology Information
publisher.none.fl_str_mv National Center for Biotechnology Information
dc.source.none.fl_str_mv reponame:DIGITAL.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC
instname:Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
instname_str Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)
reponame_str DIGITAL.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC
collection DIGITAL.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869406627338125312
spelling Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]Sánchez Baizán, NúriaHerlin, MarineMillán, AdriánMartínez, PaulinoLópez-Belluga, MaríaPiferrer, FrancescRRBSDNA methylationGonadsGametesEpigenetic biomarkershttp://metadata.un.org/sdg/14Conserve and sustainably use the oceans, seas and marine resources for sustainable developmentSequencing data from various tissues of European seabass (Dicentrarchus labrax).-- Accession: PRJNA1103406. Data Type:Raw sequence readsLos programas tradicionales de cría se centran en la genética y suelen ignorar la influencia ambiental y epigenética en la variabilidad fenotípica. En este estudio con peces, se analizaron ~500 000 loci CpG de 60 familias para desarrollar biomarcadores epigenéticos (EBs) que ayuden a seleccionar reproductores. Mediante selección cuidadosa de muestras, filtrado estadístico y algoritmos de machine learning, se identificaron tres loci CpG heredables asociados con biomasa, crecimiento rápido de hembras y resistencia a efectos de masculinización por alta temperatura. Con estos EBs se construyó un modelo capaz de predecir los mejores reproductores, validado en tres ensayos independientes y en una cohorte externa, mostrando robustez. Incorporar la selección epigenética aumentó la producción hasta 1,4 veces respecto a la selección genética sola. Esta estrategia ofrece un enfoque económico para integrar selección genética y epigenética, aplicable también a estudios de enfermedades raras y conservación biológica. El conjunto de datos incluye 20 librerias de RRBS con las cuales se desarrollo el método inicial y librerías de MBS hechas para su validaciónEste estudio fue financiado por el “Centro para el Desarrollo Tecnológico e Industrial” (CDTI) y el Fondo Europeo Marítimo y de Pesca (FEMP) a través del Proyecto IDI-20220244 para ML, y por los proyectos del Ministerio de Ciencia de España PID2019-108888RB-I00 y PID2022-139096OB-I00 para FP, con financiación del gobierno español mediante la acreditación de “Centro de Excelencia Severo Ochoa” (CEX2019-000928-S). NS contó con una beca predoctoral del Ministerio de Ciencia e Innovación de España (BES-2017-079744)28 RRBS libraries with pools of 4 individuals per family and sex and 70 individual MBS librariesPeer reviewedNational Center for Biotechnology InformationAgencia Estatal de Investigación (España)European Maritime and Fisheries FundCentro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (España)Ministerio de Ciencia e Innovación (España)Sánchez Baizán, Núria [0000-0002-3722-5188]Herlin, Marine [0000-0001-8563-7120]Millán, Adrián [0000-0003-2914-3067]Martínez, Paulino [0000-0001-8438-9305]López-Belluga, María [0009-0005-2651-4100]Piferrer, Francesc [0000-0003-0903-4736]Sánchez Baizán, NúriaPiferrer, FrancescConsejo Superior de Investigaciones Científicas [https://ror.org/02gfc7t72]202620262020info:eu-repo/semantics/datasethttp://purl.org/coar/resource_type/c_ddb1Publisher's versioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://hdl.handle.net/10261/424925https://doi.org/10.20350/digitalCSIC/18203reponame:DIGITAL.CSIC. Repositorio Institucional del CSICinstname:Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)Inglés#PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE##PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE##PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE#info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/PID2019-108888RB-I00info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2021-2023/PID2022-139096OB-I00info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/BES-2017-079744Sánchez Baizán, Núria; Herlin, Marine; Millán, Adrián; Martínez, Paulino; López-Belluga, María; Piferrer, Francesc. A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production. Environmental Epigenetics 11(1): dvaf027 (2025). https://doi.org/10.1093/eep/dvaf027. http://hdl.handle.net/10261/411478FASTQhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1103406/Síinfo:eu-repo/semantics/openAccessoai:digital.csic.es:10261/4249252026-05-22T06:33:51Z
score 15,812455