Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]
Sequencing data from various tissues of European seabass (Dicentrarchus labrax).-- Accession: PRJNA1103406. Data Type:Raw sequence reads
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| Fecha de publicación: | 2020 |
| País: | España |
| Recursos: | Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) |
| Repositorio: | DIGITAL.CSIC. Repositorio Institucional del CSIC |
| OAI Identifier: | oai:digital.csic.es:10261/424925 |
| Acesso em linha: | http://hdl.handle.net/10261/424925 https://doi.org/10.20350/digitalCSIC/18203 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palavra-chave: | RRBS DNA methylation Gonads Gametes Epigenetic biomarkers http://metadata.un.org/sdg/14 Conserve and sustainably use the oceans, seas and marine resources for sustainable development |
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Agencia Estatal de Investigación (España) European Maritime and Fisheries Fund Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (España) Ministerio de Ciencia e Innovación (España) Sánchez Baizán, Núria [0000-0002-3722-5188] Herlin, Marine [0000-0001-8563-7120] Millán, Adrián [0000-0003-2914-3067] Martínez, Paulino [0000-0001-8438-9305] López-Belluga, María [0009-0005-2651-4100] Piferrer, Francesc [0000-0003-0903-4736] Sánchez Baizán, Núria Piferrer, Francesc Consejo Superior de Investigaciones Científicas [https://ror.org/02gfc7t72] |
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Dataset for A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production [Dataset]Sánchez Baizán, NúriaHerlin, MarineMillán, AdriánMartínez, PaulinoLópez-Belluga, MaríaPiferrer, FrancescRRBSDNA methylationGonadsGametesEpigenetic biomarkershttp://metadata.un.org/sdg/14Conserve and sustainably use the oceans, seas and marine resources for sustainable developmentSequencing data from various tissues of European seabass (Dicentrarchus labrax).-- Accession: PRJNA1103406. Data Type:Raw sequence readsLos programas tradicionales de cría se centran en la genética y suelen ignorar la influencia ambiental y epigenética en la variabilidad fenotípica. En este estudio con peces, se analizaron ~500 000 loci CpG de 60 familias para desarrollar biomarcadores epigenéticos (EBs) que ayuden a seleccionar reproductores. Mediante selección cuidadosa de muestras, filtrado estadístico y algoritmos de machine learning, se identificaron tres loci CpG heredables asociados con biomasa, crecimiento rápido de hembras y resistencia a efectos de masculinización por alta temperatura. Con estos EBs se construyó un modelo capaz de predecir los mejores reproductores, validado en tres ensayos independientes y en una cohorte externa, mostrando robustez. Incorporar la selección epigenética aumentó la producción hasta 1,4 veces respecto a la selección genética sola. Esta estrategia ofrece un enfoque económico para integrar selección genética y epigenética, aplicable también a estudios de enfermedades raras y conservación biológica. El conjunto de datos incluye 20 librerias de RRBS con las cuales se desarrollo el método inicial y librerías de MBS hechas para su validaciónEste estudio fue financiado por el “Centro para el Desarrollo Tecnológico e Industrial” (CDTI) y el Fondo Europeo Marítimo y de Pesca (FEMP) a través del Proyecto IDI-20220244 para ML, y por los proyectos del Ministerio de Ciencia de España PID2019-108888RB-I00 y PID2022-139096OB-I00 para FP, con financiación del gobierno español mediante la acreditación de “Centro de Excelencia Severo Ochoa” (CEX2019-000928-S). NS contó con una beca predoctoral del Ministerio de Ciencia e Innovación de España (BES-2017-079744)28 RRBS libraries with pools of 4 individuals per family and sex and 70 individual MBS librariesPeer reviewedNational Center for Biotechnology InformationAgencia Estatal de Investigación (España)European Maritime and Fisheries FundCentro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (España)Ministerio de Ciencia e Innovación (España)Sánchez Baizán, Núria [0000-0002-3722-5188]Herlin, Marine [0000-0001-8563-7120]Millán, Adrián [0000-0003-2914-3067]Martínez, Paulino [0000-0001-8438-9305]López-Belluga, María [0009-0005-2651-4100]Piferrer, Francesc [0000-0003-0903-4736]Sánchez Baizán, NúriaPiferrer, FrancescConsejo Superior de Investigaciones Científicas [https://ror.org/02gfc7t72]202620262020info:eu-repo/semantics/datasethttp://purl.org/coar/resource_type/c_ddb1Publisher's versioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://hdl.handle.net/10261/424925https://doi.org/10.20350/digitalCSIC/18203reponame:DIGITAL.CSIC. Repositorio Institucional del CSICinstname:Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC)Inglés#PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE##PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE##PLACEHOLDER_PARENT_METADATA_VALUE#info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/PID2019-108888RB-I00info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2021-2023/PID2022-139096OB-I00info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/BES-2017-079744Sánchez Baizán, Núria; Herlin, Marine; Millán, Adrián; Martínez, Paulino; López-Belluga, María; Piferrer, Francesc. A cost-effective method for combining the power of genetic and epigenetic selection in animal production. Environmental Epigenetics 11(1): dvaf027 (2025). https://doi.org/10.1093/eep/dvaf027. http://hdl.handle.net/10261/411478FASTQhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1103406/Síinfo:eu-repo/semantics/openAccessoai:digital.csic.es:10261/4249252026-05-22T06:33:51Z |
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