Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks

L'objectiu d'aquesta tesi és desenvolupar i implementar un conjunt d'eines de mineria de dades per ajudar en la reconstrucció de circuits biològics a través de l'anàlisi i la integració de grans conjunts de dades biològiques. Aquests circuits són importants perquè regulen tots el...

Full description

Bibliographic Details
Author: Usié Chimenos, Anabel
Format: doctoral thesis
Status:Published version
Publication Date:2014
Country:España
Institution:CBUC, CESCA
Repository:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/129848
Online Access:http://hdl.handle.net/10803/129848
Access Level:Open access
Keyword:Biologia de Sistemes
Mineria de dades
Interacció de proteïnes
Docking
Reconstrucció de xarxes
Biología de Sistemas
Minería de datos
Interacción de proteínas
Systems Biology
Text-mining
Protein-protein interactions
Bioquímica i Biologia Molecular
577
id ES_3ce5e2296f0d99c684281fd1dc2d95da
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/129848
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks
title Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks
spellingShingle Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks
Usié Chimenos, Anabel
Biologia de Sistemes
Mineria de dades
Interacció de proteïnes
Docking
Reconstrucció de xarxes
Biología de Sistemas
Minería de datos
Interacción de proteínas
Systems Biology
Text-mining
Protein-protein interactions
Bioquímica i Biologia Molecular
577
title_short Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks
title_full Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks
title_fullStr Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks
title_full_unstemmed Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks
title_sort Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networks
dc.creator.none.fl_str_mv Usié Chimenos, Anabel
author Usié Chimenos, Anabel
author_facet Usié Chimenos, Anabel
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Alves, Rui
Solsona Tehàs, Francesc
Universitat de Lleida. Departament de Ciències Mèdiques Bàsiques
dc.subject.none.fl_str_mv Biologia de Sistemes
Mineria de dades
Interacció de proteïnes
Docking
Reconstrucció de xarxes
Biología de Sistemas
Minería de datos
Interacción de proteínas
Systems Biology
Text-mining
Protein-protein interactions
Bioquímica i Biologia Molecular
577
topic Biologia de Sistemes
Mineria de dades
Interacció de proteïnes
Docking
Reconstrucció de xarxes
Biología de Sistemas
Minería de datos
Interacción de proteínas
Systems Biology
Text-mining
Protein-protein interactions
Bioquímica i Biologia Molecular
577
description L'objectiu d'aquesta tesi és desenvolupar i implementar un conjunt d'eines de mineria de dades per ajudar en la reconstrucció de circuits biològics a través de l'anàlisi i la integració de grans conjunts de dades biològiques. Aquests circuits són importants perquè regulen tots els processos que controlen la vida i la salut dels organismes. El treball principal de la tesis es centra en l'anàlisi de les dades bibliòmiques desenvolupant-se dues eines, Biblio-MetReS per la reconstrucció de xarxes de PPIs i la identificació dels processos en què intervenen aquestes xarxes, i CheNER per la identificació de noms de compostos químics. L'eina final desenvolupada es centra en la integració de mètodes per a l'anàlisi estructural i modelització de proteïnes amb mètodes d'acoblament per a la predicció de complexos físics de proteïna-proteïna.
publishDate 2014
dc.date.none.fl_str_mv 2014
2014
2014
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10803/129848
url http://hdl.handle.net/10803/129848
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 195 p.
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat de Lleida
publisher.none.fl_str_mv Universitat de Lleida
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869406405789745152
spelling Development of computational tools to assist in the reconstruction of molecular networksUsié Chimenos, AnabelBiologia de SistemesMineria de dadesInteracció de proteïnesDockingReconstrucció de xarxesBiología de SistemasMinería de datosInteracción de proteínasSystems BiologyText-miningProtein-protein interactionsBioquímica i Biologia Molecular577L'objectiu d'aquesta tesi és desenvolupar i implementar un conjunt d'eines de mineria de dades per ajudar en la reconstrucció de circuits biològics a través de l'anàlisi i la integració de grans conjunts de dades biològiques. Aquests circuits són importants perquè regulen tots els processos que controlen la vida i la salut dels organismes. El treball principal de la tesis es centra en l'anàlisi de les dades bibliòmiques desenvolupant-se dues eines, Biblio-MetReS per la reconstrucció de xarxes de PPIs i la identificació dels processos en què intervenen aquestes xarxes, i CheNER per la identificació de noms de compostos químics. L'eina final desenvolupada es centra en la integració de mètodes per a l'anàlisi estructural i modelització de proteïnes amb mètodes d'acoblament per a la predicció de complexos físics de proteïna-proteïna.El objetivo de esta tesis es desarrollar e implementar un conjunto de herramientas de minería de datos para ayudar en la reconstrucción de circuitos biológicos a través del análisis y la integración de grandes conjuntos de datos biológicos. Estos circuitos son importantes porque regulan todos los procesos que controlan la vida y la salud de los organismos. El trabajo principal de la tesis se centra en el análisis de los datos bibliómicos, desarrollándose con este fin dos herramientas diferentes, Biblio-MetReS para la reconstrucción de redes PPIs y la identificación de los procesos en que intervienen estas redes, y CheNER para la identificación de nombres de compuestos químicos. La herramienta final que he desarrollado se centra en la integración de métodos para el análisis estructural y modelado de proteínas con métodos de acoplamiento para la predicción de complejos físicos de proteína-proteína.The aim of this thesis is the development and implementation of a set of data mining tools to aid in the reconstruction of biological circuits through analysis and integration of large biological datasets. These circuits are important because they regulate and maintain life and health in organisms. The main part of the thesis is focused on analyzing bibliomic data for which I develop two tools, Biblio-MetReS for the reconstruction of PPIs networks and to identify the processes in which the networks are involved, and CheNER for the identification of chemical compounds names. The final tool developed focuses on the integration of methods for structural analysis and modeling of proteins with docking methods for prediction of native protein-protein physical complexes.Universitat de LleidaAlves, RuiSolsona Tehàs, FrancescUniversitat de Lleida. Departament de Ciències Mèdiques Bàsiques201420142014info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion195 p.application/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10803/129848TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAInglésADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/1298482026-06-14T12:46:07Z
score 15,301603

Similar Items