Uso de paquetes de R/Bioconductor para análisis funcional de datos ChIP-Seq
ChIP-Seq es un método de secuenciación masiva para identificar sitios de unión proteínas-ADN. Su aplicación para el estudio del perfil de unión de histonas y factores de transcripción en el genoma humano permite conocer la relevancia de estas proteínas en procesos como la diferenciación celular y la...
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| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2021 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/138646 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10609/138646 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | pipeline factor de transcripció histona factor de transcripción transcription factor histone Human genome -- TFM Genoma humà -- TFM Genoma humano -- TFM |
| Sumario: | ChIP-Seq es un método de secuenciación masiva para identificar sitios de unión proteínas-ADN. Su aplicación para el estudio del perfil de unión de histonas y factores de transcripción en el genoma humano permite conocer la relevancia de estas proteínas en procesos como la diferenciación celular y la patogenia de enfermedades. El proyecto Bioconductor ofrece paquetes de software en R para el análisis de datos ChIP-Seq, suponiendo una alternativa de fácil acceso, bajo coste computacional y altamente versátil frente a otras herramientas. En este trabajo se propuso como objetivos: 1) La búsqueda y selección de paquetes de R/Bioconductor; 2) La búsqueda y selección de conjuntos de datos ideales para aplicar los paquetes; 3) El diseño de un pipeline de análisis de datos ChIP-Seq. Este pipeline se diseñó para realizar la anotación funcional e identificación de motivos de ADN a partir de datos procedentes de tres escenarios experimentales típicos: 1) ChIP-Seq en diferentes replicas biológicas; 2) ChIP-Seq en dos condiciones diferentes; 3) ChIP-Seq en diferentes líneas celulares. El pipeline resultante combina los paquetes ChIPSeeker y ChIPpeakAnno; rGREAT para el análisis de motivos, entre otros paquetes. Los resultados indican que: 1) ChIPpeakAnno es más flexible y específico para anotación funcional de los picos; 2) ChIPseeker ofrece mayor variedad de opciones para visualizar datos; 3) Ambos paquetes se complementan bien en sus fortalezas y debilidades, siendo más útiles juntos que separados; 4) rGREAT cumple los requerimientos básicos para el análisis de motivos, pero tiene un catálogo de funciones limitado. |
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