Computational tools for the annotation of in-source fragments and matrix-related signals in MALDI Mass Spectrometry Imaging
L´espectrometria de masses d´imatge MALDI (MALDI-MSI) és una tècnica analítica utilitzada en estudis bioquímics i clínics per revelar la composició química i la informació espacial de teixits orgànics. Els fragments generats dins de la font MALDI i els senyals relacionats amb la matriu abarroten els...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2023 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/687520 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/687520 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Mass Spectrometry Imagin Annotation Software Enginyeria i arquitectura 004 311 543 547 |
| Sumario: | L´espectrometria de masses d´imatge MALDI (MALDI-MSI) és una tècnica analítica utilitzada en estudis bioquímics i clínics per revelar la composició química i la informació espacial de teixits orgànics. Els fragments generats dins de la font MALDI i els senyals relacionats amb la matriu abarroten els espectres, cosa que fa que la identificació de cada massa a càrrega (m/z) sigui un desafiament. En aquesta tesi, desenvolupem dues eines computacionals (rMSIfragment i rMSIcleanup) per a l'anotació controlada per FDR de fragments a la font i senyals relacionats amb la matriu. També presentem un protocol computacional i experimental complet basat en una matriu MALDI marcada amb isòtops estables per descobrir senyals relacionats amb la matriu. Demostrem l'alt rendiment de les nostres eines i protocols en múltiples tipus de mostres, matrius MALDI i analitzadors MS. També trobem que l'eliminació d'aquests senyals permet que les tècniques de reducció de dimensionalitat se centrin millor en les característiques espacials biològicament rellevants i millorin l'anotació de metabòlits. En conjunt, aquests resultats indiquen que l'anotació de fragments a la font i els senyals relacionats amb la matriu s'han d'incloure en estudis rigorosos de metabolòmica no dirigits utilitzant MSI. |
|---|