Estudio de la quasiespecies del virus de la hepatitis B a través de secuenciación masiva para la identificación de dianas terapéuticas y factores pronósticos
Tot i tenir una vacuna preventiva eficaç, el virus de l'hepatitis B (VHB) és un greu problema de salut mundial degut a la seva elevada prevalença (afecta a més de 250 milions de persones a tot el món) i a la morbiditat que deriva de la seva cronicitat, ja que és el primer factor virològic de ri...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Fecha de publicación: | 2020 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Autònoma de Barcelona |
| Repositorio: | Dipòsit Digital de Documents de la UAB |
| Idioma: | español |
| OAI Identifier: | oai:ddd.uab.cat:241575 |
| Acceso en línea: | https://ddd.uab.cat/record/241575 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Virus de l'hepatitis B Virus de la hepatitis B Hepatitis B virus Ciències de la Salut |
| Sumario: | Tot i tenir una vacuna preventiva eficaç, el virus de l'hepatitis B (VHB) és un greu problema de salut mundial degut a la seva elevada prevalença (afecta a més de 250 milions de persones a tot el món) i a la morbiditat que deriva de la seva cronicitat, ja que és el primer factor virològic de risc en el desenvolupament de carcinoma hepatocel·lular (HCC). La proteïna HBc (codificada pel gen HBC) és imprescindible per al virus. S'autoacobla formant la càpsida viral i gràcies a la seva àmplia xarxa d'interaccions intervé en múltiples processos del cicle viral. Tot i que el tractament disponible actualment permet controlar la replicació viral, avui en dia no és possible erradicar la infecció, de manera que es necessiten noves estratègies terapèutiques. A més, considerant la gravetat de l'evolució clínica de la malaltia, la identificació de factors virològics que poguessin pronosticar la progressió del dany hepàtic seria de gran ajuda en el seguiment dels pacients. En aquest projecte de tesi doctoral s'ha analitzat, a través de seqüenciació massiva, la conservació i la complexitat de la quasiespecies (QS) del VHB a la regió del gen HBC en pacients amb hepatitis crònica B en diferents estats de la malaltia hepàtica. Amb això s'han volgut detectar, tant regions hiperconservades (independentment del quadre clínic o el genotip viral dels pacients) que poguessin servir de possibles dianes per a noves estratègies terapèutiques i/o diagnòstiques com diferències en termes de conservació, mutacions i complexitat de la QS entre els diferents quadres clínics analitzats que poguessin servir de factors pronòstics de l'avanç de la malaltia. El genoma del VHB es va extreure a partir de mostres de sèrum de pacients amb hepatitis crònica per VHB en diferents etapes clíniques de la malaltia i la regió HBC del genoma viral es va amplificar, a través d'un sistema d'amplificació de tres passos seqüencials, dividit en dos amplicons. Seguidament aquests es van seqüenciar per Next Generation Sequencing (NGS) a través de la plataforma MiSeq Illumina. Un cop fet el genotipatge de la població viral, la presència de mutacions es va detectar alineant les seqüències obtingudes per a cada pacient amb una seqüència consens del genotip corresponent. La conservació de la QS, tant global com per grup, es va analitzar calculant el contingut d'informació. També es van analitzar diversos indicadors de complexitat de la QS. Es van detectar regions (tant nucleotídiques com aminoacídiques) hiperconservades independentment del quadre clínic i del genotip viral l'elevada conservació de les quals podria evidenciar la seva importància funcional, de manera que podrien ser valuoses dianes de teràpia i diagnosi. A més, es van evidenciar regions conservades específicament en certs grups clínics, el que suggereix un possible paper d'aquestes regions en la progressió de la malaltia hepàtica. En els dos estudis realitzats es va detectar una substitució aminoacídica (P79Q) en els pacients amb lesió tumoral (HCC). En aquests mateixos pacients es va detectar una elevada complexitat de la QS a la regió d'un dels dos amplicons en què es va dividir el gen HBC. L'elevada complexitat de la QS i la detecció de la substitució P79Q en els pacients HCC podrien ser factors pronòstics de la transformació tumoral. Posteriors estudis seran necessaris per analitzar amb més profunditat la possible associació entre aquests factors i la lesió hepàtica. En resum, els resultats obtinguts podrien servir com a base per al desenvolupament d'estratègies panclíniques i pangenotípiques de tractament i diagnosi de l'hepatitis crònica per VHB, així com per a la identificació de factors pronòstics que puguin ajudar en el seguiment de la malaltia hepàtica. |
|---|