Estudios teóricos y computacionales para la síntesis enzimática del enlace glicosídico
En esta tesis se ha investigado el mecanismo catalítico de las glicosiltransferasas que retienen la configuración a través de simulaciones híbridas de mecánica cuántica/mecánica molecular (QM/MM) y dinámicas moleculares (MD). La investigación se centra en la evaluación de las propuestas mecanísticas...
| Author: | |
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| Format: | doctoral thesis |
| Status: | Published version |
| Publication Date: | 2016 |
| Country: | España |
| Institution: | CBUC, CESCA |
| Repository: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/400072 |
| Online Access: | http://hdl.handle.net/10803/400072 |
| Access Level: | Open access |
| Keyword: | Glicosiltransferasa Glycosyltransferases Mecanisme de retenció Mecanismo de retención Retaining mechanism Biosíntesi de l'enllaç glicosídic Biosintesis del enlace glicosídico Glycosidic bond biosynthesis Ciències Experimentals 54 |
| Summary: | En esta tesis se ha investigado el mecanismo catalítico de las glicosiltransferasas que retienen la configuración a través de simulaciones híbridas de mecánica cuántica/mecánica molecular (QM/MM) y dinámicas moleculares (MD). La investigación se centra en la evaluación de las propuestas mecanísticas, además de la identificación de los principales factores que contribuyen a la eficiencia catalítica. Para esto usamos dos enzimas, α1,4-N-Acetilhexosaminiltransferasa (EXTL2) y Glucosil-3-fosfoglicerato Sintasa (GpgS) de Mycobacterium Tuberculosis. Además, se llevaron a cabo simulaciones adicionales de modelos in silico construidos en base a la enzima nativa o mutante para desvelar los roles de los residuos que se encuentran en una de las caras del sustrato transferible (cara β del azúcar). Los resultados de GpgS se exponen en el Capítulo 4 y los resultados de EXTL2 se presentan a lo largo de los Capítulos 5 y 6. En el Capítulo 7, otras dos glicosiltransferasas retenedoras investigadas en una tesis previa del grupo (LgtC y α3GalT), junto a EXTL2 y GpgS son estudiadas y comparadas para analizar con mayor profundidad las características estructurales de la cara β del azúcar y sus implicaciones en el mecanismo catalítico. En este capítulo también se incluye una discusión general sobre los principales factores que modulan la eficiencia catalítica en cada enzima, dando de esta manera, una visión más completa y general acerca de las estrategias catalíticas realizadas por las glicosiltransferasas retenedoras. Finalmente, las conclusiones generales de este trabajo se resumen en el Capítulo 8. Parte de los resultados presentados en esta tesis pueden ser encontrados en las siguientes publicaciones: • Albesa-Jove, D.; Mendoza, F.; Rodrigo-Unzueta, A.; Gomollon-Bel, F.; Cifuente, J. O.; Urresti, S.; Comino, N.; Gómez, H.; Romero-Garcia, J.; Lluch, J. M.; Sancho-Vaello, E.; Biarnes, X.; Planas, A.; Merino, P.; Masgrau, L.; Guerin, M. E. Angew. Chem. Int. Ed. 2015, 54, 9898-9902. • Gomez, H.; Mendoza, F.; Lluch, J. M.; Masgrau, L. Advances in protein chemistry and structural biology 2015, 100, 225-254. • Mendoza, F.; Gomez, H.; Lluch, J. M.; Masgrau, L. Acs Catalysis 2016, 6, 2577-2589. |
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