Integrating multi-omics to monitor gut microbiome and resistome dynamics in weaned piglets
La resistència als antimicrobians (RAM) és una amenaça mundial emergent que redueix l'eficàcia dels tractaments actuals i exigeix intervencions sostenibles mitjançant l'enfocament 'd'Una sola salut'. En el sector porcí, el període posterior al deslletament representa una eta...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Fecha de publicación: | 2025 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Autònoma de Barcelona |
| Repositorio: | Dipòsit Digital de Documents de la UAB |
| Idioma: | inglés |
| OAI Identifier: | oai:ddd.uab.cat:312658 |
| Acceso en línea: | https://ddd.uab.cat/record/312658 |
| Access Level: | acceso embargado |
| Palabra clave: | Seqüenciació massiva Shotgun sequencing Secuenciación masiva Resistències a antimicrobians Antimicrobial resistance Resistencias a antimicrobianos Període post-deslletament Post-weaning period Período post-destete Ciències de la Salut |
| Sumario: | La resistència als antimicrobians (RAM) és una amenaça mundial emergent que redueix l'eficàcia dels tractaments actuals i exigeix intervencions sostenibles mitjançant l'enfocament 'd'Una sola salut'. En el sector porcí, el període posterior al deslletament representa una etapa especialment vulnerable. Per aquest motiu, els antimicrobians s'han utilitzat tradicionalment durant aquesta transició per tractar infeccions com la diarrea post-deslletament, una condició que afecta significativament la salut i la productivitat dels garrins. L'avenç de les tecnologies de seqüenciació massiva ofereix eines potents per a la vigilància del resistoma, permetent així caracteritzar els gens de resistència als antimicrobians (ARGs) en diferents entorns. La present tesi doctoral investiga l'efecte de diferents tractaments empleats regularment per a la diarrea post-deslletament sobre el microbioma i el resistoma intestinal dels garrins, amb l'objectiu final de desenvolupar una eina de monitorització per a la detecció d'ARGs en els sistemes de producció porcina. A través de l'optimització d'un flux de treball bioinformàtic per analitzar i integrar dades de metagenòmica i metatranscriptòmica de tipus shotgun, s'ha construït una col·lecció de 1,396 genomes assemblats a partir de metagenomes del microbioma intestinal porcí que ha permès realitzar anàlisis d'expressió gènica diferencial entre tractaments i a diferents temps d'una manera més robusta. En conjunt, els perfils metagenòmic i metatranscriptòmic del resistoma van identificar que la meitat dels ARGs estaven transcripcionalment actius i, a la vegada, han permès la generació d'un catàleg d'ARGs. Aquest catàleg, que inclou un total de 102 ARGs, comprèn la majoria de les classes antibiòtiques. Posteriorment, ha estat implementat en una plataforma microfluídica per al desenvolupament i la validació d'una eina de monitorització ajustable, sensible i d'alt rendiment per a una vigilància eficient de les RAM a partir de mostres fecals porcines. En general, l'enfocament integral multiòmic proposat en aquesta tesi doctoral emergeix com a eina prometedora per a la detecció qualitativa i quantitativa d'ARGs. Aquest enfocament té el potencial de millorar la monitorització de les RAM per comprendre la dinàmica de les resistències i orientar de manera responsable l'ús dels antimicrobians en els sistemes de producció animal. |
|---|