Anàlegs d'oligonucleòtids que incorporen grups tioèter i/o imidazole: reacció amb transplatí i entrecreuament amb la cadena complementària

[cat] S'ha desenvolupat una nova metodologia que permet unir covalentment l'oligonucleòtid antisentit i el seu mRNA diana mitjançant la formació d'entrecreuaments amb unitats de trans-Pt(NH3)2. En primer lloc, s'han sintetitzat dos derivats fosforamidit de nucleòsid amb grups imi...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Algueró i Cama, Berta
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2006
País:España
Institución:Universidad de Barcelona
Repositorio:Dipòsit Digital de la UB
OAI Identifier:oai:diposit.ub.edu:2445/42921
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/2445/42921
http://www.tdx.cat/TDX-0309107-133201
http://hdl.handle.net/10803/2803
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Oligonucleòtids
Terapèutica
Àcids nucleics
Compostos complexos
Expressió gènica
Oligonucleotides
Therapeutics
Nucleic acids
Complex compounds
Gene expression
id ES_2533722d299f5a8e7f8b7ea2ea688775
oai_identifier_str oai:diposit.ub.edu:2445/42921
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
dc.title.none.fl_str_mv Anàlegs d'oligonucleòtids que incorporen grups tioèter i/o imidazole: reacció amb transplatí i entrecreuament amb la cadena complementària
title Anàlegs d'oligonucleòtids que incorporen grups tioèter i/o imidazole: reacció amb transplatí i entrecreuament amb la cadena complementària
spellingShingle Anàlegs d'oligonucleòtids que incorporen grups tioèter i/o imidazole: reacció amb transplatí i entrecreuament amb la cadena complementària
Algueró i Cama, Berta
Oligonucleòtids
Terapèutica
Àcids nucleics
Compostos complexos
Expressió gènica
Oligonucleotides
Therapeutics
Nucleic acids
Complex compounds
Gene expression
title_short Anàlegs d'oligonucleòtids que incorporen grups tioèter i/o imidazole: reacció amb transplatí i entrecreuament amb la cadena complementària
title_full Anàlegs d'oligonucleòtids que incorporen grups tioèter i/o imidazole: reacció amb transplatí i entrecreuament amb la cadena complementària
title_fullStr Anàlegs d'oligonucleòtids que incorporen grups tioèter i/o imidazole: reacció amb transplatí i entrecreuament amb la cadena complementària
title_full_unstemmed Anàlegs d'oligonucleòtids que incorporen grups tioèter i/o imidazole: reacció amb transplatí i entrecreuament amb la cadena complementària
title_sort Anàlegs d'oligonucleòtids que incorporen grups tioèter i/o imidazole: reacció amb transplatí i entrecreuament amb la cadena complementària
dc.creator.none.fl_str_mv Algueró i Cama, Berta
author Algueró i Cama, Berta
author_facet Algueró i Cama, Berta
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Grandas Sagarra, Anna
Marchán Sancho, Vicente
Universitat de Barcelona. Departament de Química Orgànica
dc.subject.none.fl_str_mv Oligonucleòtids
Terapèutica
Àcids nucleics
Compostos complexos
Expressió gènica
Oligonucleotides
Therapeutics
Nucleic acids
Complex compounds
Gene expression
topic Oligonucleòtids
Terapèutica
Àcids nucleics
Compostos complexos
Expressió gènica
Oligonucleotides
Therapeutics
Nucleic acids
Complex compounds
Gene expression
description [cat] S'ha desenvolupat una nova metodologia que permet unir covalentment l'oligonucleòtid antisentit i el seu mRNA diana mitjançant la formació d'entrecreuaments amb unitats de trans-Pt(NH3)2. En primer lloc, s'han sintetitzat dos derivats fosforamidit de nucleòsid amb grups imidazole i tioèter units a la nucleobase, respectivament, que permeten incorporar aquestes modificacions en oligonucleòtids seguint la metodologia estàndard del fosfit triester. La introducció d'aquests nous grups funcionals a l'extrem 5' no afecta substancialment l'estabilitat del dúplex amb la cadena complementària. S'han portat a terme assajos de platinació d'oligonucleòtids modificats de mida petita amb l'objectiu d'avaluar la capacitat dels nous grups funcionals de coordinar-se a l'ió metàl·lic, així com amb oligonucleòtids de seqüència mixta amb una o dues modificacions a l'extrem 5'. A partir dels resultats obtinguts s'han dissenyat dues estratègies d'entrecreuament: mitjançant hibridació de l'adducte intracadena oligonucleòtid modificat-transplatí a la cadena complementària, o bé partint del dúplex oligonucleòtid antisentit/cadena complementària i afegint transplatí. En ambdós casos s'ha obtingut el mateix adducte intercadena. La caracterització de tots els adductes platinats s'ha portat a terme per oxidació amb H2O2 i digestió enzimàtica, i posterior anàlisi per espectrometria de masses MALDI-TOF. Dels experiments realitzats s'ha conclòs que la millor combinació suposa la introducció del nucleòsid amb el grup imidazole a l'extrem 5' de l'oligonucleòtid antisentit, seguit del nucleòsid amb el grup tioèter. En la reacció amb transplatí es forma ràpidament i regioselectiva un adducte intracadena, en el qual el platí coordina un nitrogen imidazòlic i el sofre del tioèter. La reacció d'entrecreuament té lloc de manera que l'ió metàl·lic migra del sofre al nitrogen 7 d'una guanina situada enfront dels nucleòsids modificats, mantenint-se inalterada la unió al nitrogen imidazòlic de la cadena antisentit. La presència d'una unitat trans-Pt(NH3)2 entrecreuant ambdues cadenes comporta un gran augment de l'estabilitat tèrmica del dúplex. Finalment, s'ha demostrat que la reacció d'entrecreuament només té lloc quan existeix reconeixement entre l'oligonucleòtid modificat i la cadena complementària, resultat rellevant per a una possible aplicació d'aquesta metodologia en el camp de la teràpia antisentit on la diana tant pot ser el mRNA com els miRNAs.
publishDate 2006
dc.date.none.fl_str_mv 2006
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv https://hdl.handle.net/2445/42921
http://www.tdx.cat/TDX-0309107-133201
http://hdl.handle.net/10803/2803
url https://hdl.handle.net/2445/42921
http://www.tdx.cat/TDX-0309107-133201
http://hdl.handle.net/10803/2803
dc.language.none.fl_str_mv Catalán
language_invalid_str_mv Catalán
dc.rights.none.fl_str_mv (c) Algueró i Cama, 2006
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv (c) Algueró i Cama, 2006
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat de Barcelona
publisher.none.fl_str_mv Universitat de Barcelona
dc.source.none.fl_str_mv Tesis Doctorals - Departament - Química Orgànica
reponame:Dipòsit Digital de la UB
instname:Universidad de Barcelona
instname_str Universidad de Barcelona
reponame_str Dipòsit Digital de la UB
collection Dipòsit Digital de la UB
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869404743224262656
spelling Anàlegs d'oligonucleòtids que incorporen grups tioèter i/o imidazole: reacció amb transplatí i entrecreuament amb la cadena complementàriaAlgueró i Cama, BertaOligonucleòtidsTerapèuticaÀcids nucleicsCompostos complexosExpressió gènicaOligonucleotidesTherapeuticsNucleic acidsComplex compoundsGene expression[cat] S'ha desenvolupat una nova metodologia que permet unir covalentment l'oligonucleòtid antisentit i el seu mRNA diana mitjançant la formació d'entrecreuaments amb unitats de trans-Pt(NH3)2. En primer lloc, s'han sintetitzat dos derivats fosforamidit de nucleòsid amb grups imidazole i tioèter units a la nucleobase, respectivament, que permeten incorporar aquestes modificacions en oligonucleòtids seguint la metodologia estàndard del fosfit triester. La introducció d'aquests nous grups funcionals a l'extrem 5' no afecta substancialment l'estabilitat del dúplex amb la cadena complementària. S'han portat a terme assajos de platinació d'oligonucleòtids modificats de mida petita amb l'objectiu d'avaluar la capacitat dels nous grups funcionals de coordinar-se a l'ió metàl·lic, així com amb oligonucleòtids de seqüència mixta amb una o dues modificacions a l'extrem 5'. A partir dels resultats obtinguts s'han dissenyat dues estratègies d'entrecreuament: mitjançant hibridació de l'adducte intracadena oligonucleòtid modificat-transplatí a la cadena complementària, o bé partint del dúplex oligonucleòtid antisentit/cadena complementària i afegint transplatí. En ambdós casos s'ha obtingut el mateix adducte intercadena. La caracterització de tots els adductes platinats s'ha portat a terme per oxidació amb H2O2 i digestió enzimàtica, i posterior anàlisi per espectrometria de masses MALDI-TOF. Dels experiments realitzats s'ha conclòs que la millor combinació suposa la introducció del nucleòsid amb el grup imidazole a l'extrem 5' de l'oligonucleòtid antisentit, seguit del nucleòsid amb el grup tioèter. En la reacció amb transplatí es forma ràpidament i regioselectiva un adducte intracadena, en el qual el platí coordina un nitrogen imidazòlic i el sofre del tioèter. La reacció d'entrecreuament té lloc de manera que l'ió metàl·lic migra del sofre al nitrogen 7 d'una guanina situada enfront dels nucleòsids modificats, mantenint-se inalterada la unió al nitrogen imidazòlic de la cadena antisentit. La presència d'una unitat trans-Pt(NH3)2 entrecreuant ambdues cadenes comporta un gran augment de l'estabilitat tèrmica del dúplex. Finalment, s'ha demostrat que la reacció d'entrecreuament només té lloc quan existeix reconeixement entre l'oligonucleòtid modificat i la cadena complementària, resultat rellevant per a una possible aplicació d'aquesta metodologia en el camp de la teràpia antisentit on la diana tant pot ser el mRNA com els miRNAs.[eng] New methodology to allow a covalent union between an antisense oligonucleotide and the mRNA target has been developed. The crosslink is established through a trans-Pt(NH3)2 unit. First of all, two phosphoramidite nucleoside analogs with imidazole and thioether groups linked to the nucleobase, respectively, were synthesized. These derivatives allow the introduction of such modifications in oligonucleotides using standard phosphite triester methodology. The introduction of such modifications at the 5' end does not affect substantially the stability of the duplex with the complementary chain. Oligonucleotide platination assays have been carried out, first with small modified model chains to evaluate the ligand capability of the new functional groups, and then with mixed sequences containing either one or the two modifications at the 5' end. On the basis of the results obtained, two crosslinking strategies have been designed: hybridization of the modified oligonucleotide-transplatin intrachain adduct to the complementary chain, and mixing the antisense oligonucleotide, the complementary chain and transplatin. In the two cases, the same interchain adduct was obtained. All platinated adducts have been characterized by oxidation with H2O2 and enzymatic digestion, as well as MALDI-TOF mass spectrometric analysis. The conclusion from these experiments is that best results are obtained when imidazole-modified nucleoside is placed at the 5' end of the antisense oligonucleotide, next to the thioether-derivatized nucleoside. The reaction with transplatin gives quickly and regioselectively an intrachain adduct in which platinum coordinates one nitrogen of the imidazole ring and the sulfur of the thioether. The crosslinking reaction involves a rearrangement that takes the metal ion from sulfur to the nitrogen 7 of the guanine opposite the modified nucleosides, keeping unaltered the union to the imidazole nitrogen of the antisense chain. The presence of the trans-Pt(NH3)2 moiety crosslinking the two chains notably increases the thermal stability of the duplex. Finally, it has been demonstrated that crosslinking reactions only take place when there is molecular recognition between the antisense oligonucleotide and the complementary chain, which is highly relevant for the possible antisense application of this methodology for targeting either mRNA or miRNAs.Universitat de BarcelonaGrandas Sagarra, AnnaMarchán Sancho, VicenteUniversitat de Barcelona. Departament de Química Orgànica2006info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionapplication/pdfhttps://hdl.handle.net/2445/42921http://www.tdx.cat/TDX-0309107-133201http://hdl.handle.net/10803/2803Tesis Doctorals - Departament - Química Orgànicareponame:Dipòsit Digital de la UBinstname:Universidad de BarcelonaCatalán(c) Algueró i Cama, 2006info:eu-repo/semantics/openAccessoai:diposit.ub.edu:2445/429212026-05-27T06:46:51Z
score 15,300719

Similares en LA Referencia