Análisis filogenético de la óxido nitroso reductasa (nosZ): establecimiento del perfil de la proteína
Uno de los objetivos principales del presente trabajo es la elaboración del análisis filogenético de la óxido nitroso reductasa, una enzima encargada de la reducción del N2O a N2 durante la desnitrificación biológica. El otro objetivo principal es el establecimiento del perfil de dicha proteína. Par...
| Autor: | |
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| Formato: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2021 |
| País: | España |
| Recursos: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/139030 |
| Acesso em linha: | http://hdl.handle.net/10609/139030 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palavra-chave: | nosZ phylogenetic analysis greenhouse gases Bioinformatics -- TFM análisis filogenético gases de efecto invernadero anàlisi filogenètic gasos d'efecte d'hivernacle Bioinformàtica -- TFM Bioinformática -- TFM |
| Resumo: | Uno de los objetivos principales del presente trabajo es la elaboración del análisis filogenético de la óxido nitroso reductasa, una enzima encargada de la reducción del N2O a N2 durante la desnitrificación biológica. El otro objetivo principal es el establecimiento del perfil de dicha proteína. Para ello ha sido necesario crear una base de datos que incluya un conjunto de secuencias proteicas de distintos organismos microbiológicos, mediante la búsqueda de homólogos de la secuencia query en BLAST. Posterior a la preparación de las secuencias, se realiza un alineamiento múltiple con el software MEGA-X, así como la determinación del modelo evolutivo y la señal filogenética, esta última usando TREE-PUZZLE. Para el estudio de la clasificación taxonómica de los organismos poseedores del gen nosZ se prepara un árbol filogenético usando el método probabilístico de máxima verosimilitud con bootstrapping. De este análisis se obtiene la distinción de los organismos en dos Clados, según si poseen el gen ¿típico¿ o ¿atípico¿. El último paso es la preparación del perfil proteico. Se ha preparado dos, uno para cada Clado, usando el servidor web Phyre2. Se han predicho las estructuras tridimensionales de la proteína mediante el modelado por homología, ambas con un nivel de confianza del 100%. Con los resultados obtenidos, se confirma que es posible ampliar y complementar los estudios ya hechos sobre la óxido nitroso reductasa usando bases de datos públicas, hecho que podría significar un paso importante en la potencial reducción de las emisiones de N2O, un potente gas de efecto invernadero. |
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