L’exposició a virus presents en l’ambient: descripció del viroma i avaluació del risc
[cat] Existeix una gran diversitat de virus presents en l’ambient als quals els humans estem exposats, constituint l’exposoma víric. Les eines de vigilància ambiental, com ara l’epidemiologia basada en aigües residuals, han posat de manifest el seu potencial per monitoritzar la circulació vírica en...
| Author: | |
|---|---|
| Format: | doctoral thesis |
| Status: | Published version |
| Publication Date: | 2024 |
| Country: | España |
| Institution: | Universidad de Barcelona |
| Repository: | Dipòsit Digital de la UB |
| OAI Identifier: | oai:diposit.ub.edu:2445/216083 |
| Online Access: | https://hdl.handle.net/2445/216083 http://hdl.handle.net/10803/692406 |
| Access Level: | Open access |
| Keyword: | Virologia Epidemiologia Contaminació microbiana Virology Epidemiology Microbial contamination |
| Summary: | [cat] Existeix una gran diversitat de virus presents en l’ambient als quals els humans estem exposats, constituint l’exposoma víric. Les eines de vigilància ambiental, com ara l’epidemiologia basada en aigües residuals, han posat de manifest el seu potencial per monitoritzar la circulació vírica en una comunitat, sobretot amb la recent pandèmia de la COVID-19. Per aquest motiu, aquesta tesi s’ha centrat, primerament, en l’estudi de l’aigua residual com a font de contaminació i eina per a estudis epidemiològics. Concretament, s’han avaluat diferents mètodes de detecció i caracterització dels coronavirus presents en les aigües residuals en un context de pandèmia, principalment mitjançant tècniques de seqüenciació de nova generació (NGS). Els virus excretats a les aigües residuals poden ser resistents als tractaments de les estacions depuradores d’aigües residuals (EDARs) i acabar contaminant les fonts d’aigua que s’utilitzen per beure, per regar o per a ús recreatiu, suposant així potencials vies de transmissió d’aquests virus. En aquesta tesi, s’ha estudiat l’exposició a virus patògens presents en aigües i aliments mitjançant la detecció i caracterització vírica, especialment aplicant tècniques de NGS en aliments de producció orgànica i les seves fonts d’aigua de reg. A més, també s’ha avaluat la contaminació vírica i s’ha explorat la diversitat de virus presents en escorrenties i aigües subterrànies d’un entorn urbà, les quals, en l’actual context de sequera, són de gran interès per a diferents usos. Finalment, considerant que l’exposició ocupacional a patògens pot comportar riscos per a la salut dels treballadors, s’ha avaluat l’exposició vírica en entorns laborals. S’ha quantificat la contaminació vírica i s’han identificat virus presents en aerosols i superfícies d’una EDAR i una granja de porcs mitjançant tècniques de NGS. A més, s’han realitzat estimacions del risc ocupacional associat a l’exposició a virus amb l’avaluació quantitativa del risc microbiològic (QMRA), seleccionant l’adenovirus humà (HAdV) per a l’EDAR i un virus hipotèticament zoonòtic amb característiques similars a l’adenovirus porcí (PAdV) per a la granja de porcs com a patògens de referència. Les vies d’exposició considerades en els models són la inhalació d’aerosols i la ingestió oral a través de superfícies contaminades i el contacte mà-boca. Aquesta tesi ha permès la identificació de virus presents en diverses matrius ambientals, incloent-hi aigües residuals, aigües d’escorrentia, aigües subterrànies, mostres d’origen animal, aliments de producció orgànica i aigües de reg, així com superfícies i aerosols d’entorns de treball. S’ha avaluat el nivell de contaminació vírica mitjançant la quantificació de virus indicadors de contaminació fecal i altres virus patògens. S’han identificat virus humans i animals d’interès aplicant tècniques de NGS, com la seqüenciació massiva d’amplicons i la seqüenciació amb enriquiment de dianes, utilitzant panells específics dirigits a la captura de seqüències de virus de vertebrats o també de coronavirus. Finalment, els resultats de QMRA han revelat un potencial risc ocupacional associat a l’exposició a HAdV per als treballadors d’EDARs, si no es prenen mesures. La simulació de QMRA a la granja de porcs també suggereix un potencial risc en cas d’exposició a un virus potencialment zoonòtic. Els resultats d’aquesta tesi ofereixen una visió rellevant sobre la presència de virus en diverses matrius ambientals i els potencials riscos associats amb l’exposició a aquests, contribuint al desenvolupament de mesures que ajudin a reduir aquests riscos i destacant la importància del monitoratge i la vigilància ambiental per a la detecció de virus emergents i zoonòtics, així com per a entendre les seves rutes de transmissió i identificar possibles fonts de contaminació. |
|---|