Anàlisi de dades de seqüenciació de nova generació pel diagnòstic molecular del càncer hereditari i per la recerca de les bases genètiques del càncer colorectal esporàdic
La seqüenciació de nova generació (Next Generation Sequencing, NGS) està canviant el diagnòstic genètic i la recerca genòmica gràcies a la gran capacitat de seqüenciació i el seu cost‐eficiència. En aquesta tesi s’ha utilitzat la NGS tant per al diagnòstic genètic del cáncer hereditari com per a la...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2016 |
| País: | España |
| Institución: | CBUC, CESCA |
| Repositorio: | TDR. Tesis Doctorales en Red |
| OAI Identifier: | oai:www.tdx.cat:10803/401754 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10803/401754 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Càncer colorectal Cáncer colorectal Colorectal cancer Genètica mèdica Genética médica Medical genetics Malalties hereditàries Enfermedades hereditarias Genetic diseases Ciències de la Salut 616 |
| Sumario: | La seqüenciació de nova generació (Next Generation Sequencing, NGS) està canviant el diagnòstic genètic i la recerca genòmica gràcies a la gran capacitat de seqüenciació i el seu cost‐eficiència. En aquesta tesi s’ha utilitzat la NGS tant per al diagnòstic genètic del cáncer hereditari com per a la recerca de noves mutacions recurrents en el càncer colorectal (CCR) esporàdic. En el primer article de la tesi es descriu el desenvolupament d’un protocol basat en la NGS per al diagnòstic rutinari de la síndrome de càncer de mama i ovari hereditari (Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome, HBOCS), per millorar el diagnòstic genètic dels gens BRCA1 i BRCA2. Es va dissenyar un protocol basat en NGS utilitzant les llibreries d’amplicons del MASTR kit de Multiplicom, seguit de la piroseqüenciació amb el GS Junior i l’anàlisi de les dades amb software lliure. El segon article presenta el desenvolupament d’una eina oberta executable via web, per a realitzar les anàlisis genètiques de la reseqüenciació per amplicons d’alguns gens específics d’alt risc per a cáncer hereditari, utilitzant el seqüenciador GS Junior. Concretament, l’anàlisi bioinformàtic està efocat a detectar i filtrar variants, i a proporcionar informació de la cobertura, permetent a l’usuari personalitzar alguns paràmetres bàsics. A més, la web està vinculada a la base de dades de mutacions de la nostra institució per ajudar a la classificació clínica de les variants identificades. L’evolució del diagnòstic genètic ens porta cap a l’ús dels panells. En un breu apartat després del segon article, s’avalua el rendiment del panell comercial d’Illumina “Trusight Cancer Panel”per tal de valorar la seva efectivitat en la rutina diagnòstica del Càncer Hereditari. Aquest panell inclou 94 gens associats a càncer hereditari més un grup de 284 SNPs correlacionats amb càncer en diferents estudis d’associació. Els resultats mostren un bon rendiment del panell Trusight Cancer d’Illumina en la rutina del diagnòstic de càncer hereditari. En el tercer i darrer article que forma la tesi, es presenten els resultats de la seqüenciació dels exomes de 42 mostres de tumors i normal aparellat de CCR esporàdic, per caracteritzar l’estat mutacional dels tumors i trobar noves mutacions recurrents que puguin estar implicades en la tumorigenesis del CCR. Els resultats mostren una gran heterogeneïtat mutacional, però tot i així, aquesta diversitat de mutacions convergeix en vies metabòliques comunes com el cicle cel∙lular o l’apoptosi. Enmig d’aquesta heterogeneïtat mutacional, ressalten les variants truncants al gen AMER1 (també anomenat FAM123 o WTX) que apareixen de forma recurrent en els casos de CCR. Validacions in silico i experimentals en grups de dades independents confirmen l’existència de mutacions amb alta probabilitat d’afectar la funció d’AMER1 en aproximadament el 10% dels tumors de CCR analitzats. |
|---|