Omics approaches for omega-6/omega-3 polyunsaturated fatty acid ratio in pigs
En general, la qualitat de la carn està fortament influenciada per la composició dels àcids grassos (AG) i el greix intramuscular, que depèn en gran mesura de la ingesta de greix a la dieta dels porcs, però també està influenciada per variants genètiques . En aquesta tesi doctoral, dilucidem els efe...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Fecha de publicación: | 2022 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Autònoma de Barcelona |
| Repositorio: | Dipòsit Digital de Documents de la UAB |
| Idioma: | inglés |
| OAI Identifier: | oai:ddd.uab.cat:270851 |
| Acceso en línea: | https://ddd.uab.cat/record/270851 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Òmiques Ómicas Omics Ratio Omega-6 Omega-6 Omega-3 dels àcids greixosos poliinsaturats Omega-3 de ácidos grasos poliinsaturados Omega-3 polyunsaturated fatty acid ratio Porc Cerdo Pig Ciències Experimentals |
| Sumario: | En general, la qualitat de la carn està fortament influenciada per la composició dels àcids grassos (AG) i el greix intramuscular, que depèn en gran mesura de la ingesta de greix a la dieta dels porcs, però també està influenciada per variants genètiques . En aquesta tesi doctoral, dilucidem els efectes dels lípids de la dieta, en termes de la proporció d'àcids grassos poliinsaturats (AGP) omega-6 (n-6)/omega-3 (n-3), sobre la qualitat de la carn porcina i la integració de tecnologies OMICAS com la genòmica, la transcriptòmica i la proteòmica. Amb l'objectiu d'entendre com l'associació entre les ràtios n-6/n-3 AGP, l'expressió del transcriptoma porcí i els processos biològics relacionats amb el metabolisme dels AGP, fem RNA-Seq i microRNA-Seq en mostres de múscul longissimus dorsi de 20 porcs Ibèrics x Duroc amb valors extrems de la relació dels AGP n-6/n-3 i identifiquem ARN missatgers (ARNm) i microARNs (miARNs) expressats diferencialment. Les nostres troballes van destacar gens d'ARNm, miARNs i vies enriquides que estaven relacionats amb el metabolisme dels lípids, el creixement cel·lular i la inflamació, d'acord amb les diferències en la proporció d'AGP n-6/n-3 del múscul. A més, es van descobrir xarxes reguladores rellevants de miARN a ARNm (per exemple, mir-15b a ARRDC3; mir-7142-3p a METTL21C), i es van relacionar amb la lipòlisi, l'obesitat, la miogènesi i el catabolisme proteic. També es va determinar com les dietes per a truges amb proporcions altes o baixes d'AGP n-6/n-3, de 13:1 (SOY) i 4:1 (LIN), van influir en el rendiment reproductiu de les truges, en el rendiment del creixement dels garrins pre-estetats i en la deposició de greix, incloent-hi les proteïnes i els gens codificadors de proteïnes mitjançant l'anàlisi proteòmica. A les truges, LIN va reduir els garrins nascuts morts i la mortalitat predestete. Tot i que el pes dels garrins i el guany de pes van variar entre les proporcions d'AGP n-6/n-3, el pes al deslletament i el guany de pes global no es van veure afectats per les intervencions dietètiques. L'anàlisi proteòmica comparativa entre SOY i LIN, va revelar 4 i 11 proteïnes sobreabundants en els teixits muscular i adipós, respectivament. A més, el paper proinflamatori dels AGP n-6 pot estar associat a la sobreabundància observada d'haptoglobina, una proteïna de fase aguda, ia l'estimulació de gens codificadors de proteïnes i proteïnes rellevants per a la resposta immune innata i la resposta inflamatòria aguda. Utilitzant la mateixa població, apliquem l'enfocament d'anàlisi de divisió d'exó-intró (EISA) per donar compte dels canvis posttranscripcionals, impulsats per la repressió funcional putativa de miRNA, en resposta als valors extrems de la relació d'AGP n -6/n-3 al múscul longissimus dorsi en garrins mascles i femelles. L'EISA va revelar 11 i 97 gens d'ARNm dins del 5% de les puntuacions negatives del PTc amb una reducció de la regió exònica d'almenys 1,5 vegades als garrins SOY-mascle (SOY-M) i LIN-mascle (LIN) -M), respectivament. A més, els miARNs regulats a l'alça detectats albergaven llocs d'unió al 72,73% (SOY-M) i al 61,86% (LIN-M) d'aquests gens regulats a la baixa de forma posttranscripcional. No obstant això, els senyals generals de PTc a les femelles no van ser tan forts i clars com els mascles. També descobrim gens que estan predominantment associats a la modulació de les respostes immunitàries i el metabolisme dels lípids, que poden estar relacionats amb les propietats pro i antiinflamatòries dels AGP n-6 i n-3, respectivament. El nostre ús d'EISA ens va permetre identificar xarxes reguladores que van complementar les anàlisis tradicionals d'expressió diferencial i ens va proporcionar una comprensió més completa dels canvis. |
|---|