Desarrollo de un pipeline bioinformático mediante R: análisis basados en panel de cáncer de pulmón
En la actualidad, el cáncer de pulmón es uno de los tipos de cáncer más comunes y de los más extensos. En comparación con el resto de cánceres, alrededor del 14% de todos los cánceres nuevos son cánceres procedentes de este órgano. Debido a las altas estadísticas, se cree interesante envolver el pre...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Fecha de publicación: | 2019 |
| País: | España |
| Institución: | Universitat Oberta de Catalunya (UOC) |
| Repositorio: | O2, repositorio institucional de la UOC |
| OAI Identifier: | oai:openaccess.uoc.edu:10609/96847 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/10609/96847 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | lung cancer FASTQ files data mining cáncer de pulmón minería de datos càncer de pulmó mineria de dades Bioinformatics -- TFM Bioinformàtica -- TFM Bioinformática -- TFM |
| Sumario: | En la actualidad, el cáncer de pulmón es uno de los tipos de cáncer más comunes y de los más extensos. En comparación con el resto de cánceres, alrededor del 14% de todos los cánceres nuevos son cánceres procedentes de este órgano. Debido a las altas estadísticas, se cree interesante envolver el presente trabajo de Fin de Máster con la realización de un pipeline bioinformático a partir de un panel de genes de cáncer de pulmón. Para ello, se parte de una base con datos tipo Fastq files procedente de un panel de genes para su posterior parametrización [1][2][3][4]. Con el presente objetivo y en plena expansión e integración genómica en el campo del diagnóstico clínico, encontramos una razón de peso para la ejecución de dicho particular estudio dentro del campo de diagnóstico. El tipo de lenguaje utilizado para este proyecto será la plataforma de software libre R y sus distintos paquetes de Bioconductor utilizados a lo largo del pipeline, los cuáles nos permitirán filtrar y definir con gran detalle toda la información proveniente de los archivos seleccionados, sacar datos estadísticos representarlos de una forma rápida, simple, coherente y de la mejor manera posible. Esta aplicación puede utilizarse para cualquier tipo de estudio siempre y cuando el punto de inicio sea una base con datos de clase fastq files, ya sea precedente de Pubmed, de cualquier tipo de panel de genes procedentes de un secuenciador o de cualquier otra fuente. Al publicarse en la red, ésta además puede ser utilizada por cualquier usuario, incluso aquellos sin conocimientos en lenguajes de programación específico. |
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