Analysis of early transcriptional changes in response to spinal cord damage in Xenopus laevis.

Unlike mammals, Xenopus laevis larvae can recover anatomically and functionally after spinal cord injury. The ependymal zone of the central canal of the spinal cord of these animals has a high percentage of Sox2+ neuronal progenitor cells. These are activated rapidly in response to injury and are ne...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Peñailillo Lazo, Johany
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2019
País:Chile
OAI Identifier:oai:repositorio.anid.cl:10533/246324
Acceso en línea:https://hdl.handle.net/10533/246324
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Palabra clave:Ciencias Naturales
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description Unlike mammals, Xenopus laevis larvae can recover anatomically and functionally after spinal cord injury. The ependymal zone of the central canal of the spinal cord of these animals has a high percentage of Sox2+ neuronal progenitor cells. These are activated rapidly in response to injury and are necessary for spinal cord regeneration. Our interest is to identify the genetic network and signaling pathways involved in the early activation of this cell population. Analysis of the early transcriptional changes after injury, allowed us to propose a model of Sox2+ cells activation, which identifies new molecular components that could be key during this process, in which the mTORC1 signaling pathway would play a central role. The first validations of this model confirmed a rapid activation of the mTORC1 pathway at 3 hours after a transection, mainly in the cells of the ependymal area of the central canal near the lesion and in neuronal bodies throughout the nervous system. On the other hand, the inhibition of mTORC1 using rapamycin blocked the proliferation of Sox2+ cells and functional recovery after transection. These results suggest a key role for the mTORC1 pathway in the rapid activation of Sox2+ cells, partially validating our model and thus suggesting a series of new targets that could be key in our quest to improve the regenerative capacity of mammals.
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spelling PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILEPeñailillo Lazo, Johany2019https://hdl.handle.net/10533/246324http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Otras Ciencias NaturalesCiencias NaturalesAnalysis of early transcriptional changes in response to spinal cord damage in Xenopus laevis.Larraín Correa, JuanPONTIFICIA UNIVERSIDAD CATOLICA DE CHILEChilePeñailillo Lazo, Johany2020-09-30T19:33:56Z2022-08-19T22:39:58Z2020-09-30T19:33:56Z2022-08-19T22:39:58Zinfo:eu-repo/date/embargoEnd/2021-06-012019Unlike mammals, Xenopus laevis larvae can recover anatomically and functionally after spinal cord injury. The ependymal zone of the central canal of the spinal cord of these animals has a high percentage of Sox2+ neuronal progenitor cells. These are activated rapidly in response to injury and are necessary for spinal cord regeneration. Our interest is to identify the genetic network and signaling pathways involved in the early activation of this cell population. Analysis of the early transcriptional changes after injury, allowed us to propose a model of Sox2+ cells activation, which identifies new molecular components that could be key during this process, in which the mTORC1 signaling pathway would play a central role. The first validations of this model confirmed a rapid activation of the mTORC1 pathway at 3 hours after a transection, mainly in the cells of the ependymal area of the central canal near the lesion and in neuronal bodies throughout the nervous system. On the other hand, the inhibition of mTORC1 using rapamycin blocked the proliferation of Sox2+ cells and functional recovery after transection. These results suggest a key role for the mTORC1 pathway in the rapid activation of Sox2+ cells, partially validating our model and thus suggesting a series of new targets that could be key in our quest to improve the regenerative capacity of mammals.A diferencia de los mamíferos, otros animales como las larvas de anfibios anuros (donde se incluye a Xenopus) pueden lograr una recuperación funcional completa después de una lesión en la médula espinal. En nuestro laboratorio, se ha establecido a la rana Xenopus laevis (X. laevis) como un organismo modelo para estudiar la regeneración de la médula espinal. Una de las principales ventajas de X. laevis es que las larvas en etapas 50-54 (estadios-R) pueden recuperarse anatómica, histológica y funcionalmente después de una lesión en la médula espinal (LME). Esas habilidades se pierden por completo en las ranas juveniles (estadio-NR). La zona ependimaria del canal central de la médula espinal de las larvas en estadios-R presenta un alto porcentaje de células progenitoras neuronales (NPC) Sox2+. Estas se activan rápidamente en respuesta a una lesión y son necesarias para lograr la regeneración completa de la médula espinal. Nuestro interés es identificar las redes genéticas y las vías de señalización involucradas en la activación temprana de NPC. Para identificar los mecanismos y las vías de señalización involucradas en la activación de células Sox2+, hemos realizado un análisis de los cambios del transcriptoma durante las primeras 21 horas posteriores a la transección (hpt) en animales en estadios-R. Con este objetivo, el tejido del sitio de la lesión se aisló cada 1 hora luego de la lesión en animales transectados, así como también en animales control, con daño simulado (sham) y sin daño. Como resultado de este muestreo y posterior secuenciación de ARNm conseguimos más de 100 librerías de RNA-seq, con las cuales se realizó un exhaustivo análisis bioinformático. Los genes expresados diferencialmente (GEDs) se identificaron mediante Procesos Gaussianos. Posteriormente, la estructura modular de los GEDs se infirió utilizando un Análisis de redes de Co-expresión Génica Ponderada (WGCNA). Estos módulos de co-expresión fueron analizados buscando procesos biológicos y vías de señalización KEGG enriquecidas. Además, analizamos los motivos de unión al ADN de factor de transcripción enriquecidos en el promotor proximal de genes coexpresados y las interacciones proteína-proteína entre los GEDs. Identificamos 1850 GEDs que se agruparon en 11 módulos de coexpresión (3 regulados negativamente, 2 regulados positivamente con una activación inmediata, 3 regulados positivamente con una activación intermedia y 3 regulados positivamente con una activación tardía). El análisis de ontología génica reportó: (1) un enriquecimiento de los reguladores negativos de la señalización mTOR en los primeros módulos regulados negativamente, (2) un aumento en factores de transcripción en los módulos de activación inmediata, (3) un aumento en los componentes de la biogénesis del ribosoma en módulos de activación intermedia y (4) un aumento en genes asociados a división de células progenitoras y de ciclo celular en módulos de activación tardía. En base a nuestros análisis bioinformáticos decidimos estudiar el rol de la vía mTOR durante las primeras horas luego de la transección. Análisis por Western Blot e Inmunofluorescencia contra p-S6, la forma activa de un componente intracelular de la vía mTOR, mostraron una activación rápida a las 3 hpt y principalmente en las células de la zona ependimaria del canal central cercanas al sitio de la lesión y los cuerpos neuronales a lo largo del sistema nervioso. La inhibición de esta vía de señalización utilizando rapamicina bloquea la proliferación de células Sox2+ y la recuperación funcional después de la LME. Estos resultados sugieren un papel clave para la vía mTOR en la rápida activación de las células Sox2+ para una adecuada recuperación después de la LME en renacuajos. De esta manera, podemos concluir que identificamos cambios tempranos en el transcriptoma de la médula espinal en respuesta al daño a la médula espinal, los cuales pueden ser asociados a varios procesos biológicos y vías de señalización que se despliegan en ondas transcripcionales secuenciales después de la LME. Finalmente, análisis bioinformáticos y pruebas funcionales de la vía mTOR sugieren que esta vía de señalización sería clave durante las primeras horas de la regeneración de la médula espinal.Manuscrito de paper en preparación.21140993https://hdl.handle.net/10533/246324instname: Conicytreponame: Repositorio Digital RI2.0info:eu-repo/grantAgreement//21140993info:eu-repo/semantics/dataset/hdl.handle.net/10533/93488http://repositorio.uc.cl/handle/11534/26897Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Chileinfo:eu-repo/semantics/openAccesshttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/cl/Ciencias NaturalesOtras Ciencias NaturalesAnalysis of early transcriptional changes in response to spinal cord damage in Xenopus laevis.Análisis de los cambios tempranos del transcriptoma en respuesta al daño en la médula espinal de Xenopus laevis.info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionTesisTesishttps://hdl.handle.net/10533/246324bbc9c00a-b3e5-4df2-8146-ef63c7279fcavirtual::65630-1bbc9c00a-b3e5-4df2-8146-ef63c7279fcavirtual::65630-1LICENSElicense.txttext/plain1779https://repositorio.anid.cl/bitstreams/2f4cfc3e-78de-421d-aa23-fe81d8aacd7d/download593a6e7305c66c56041a9f9e15a649c1MD51ORIGINALTesis Doctoral - JPenailillo.pdfTesis Doctoralapplication/pdf11866616https://repositorio.anid.cl/bitstreams/62fd8a74-708d-44ed-8b82-a96f633a5442/download685f9946c52cec86ae854ccf7e8cab1dMD52CC-LICENSElicense_rdfapplication/octet-stream1232https://repositorio.anid.cl/bitstreams/143c5fb9-1fbc-4f91-93c7-e70afaa40189/downloadf97bcfdf58f3e17b5cec231112dab5b1MD53TEXTTesis Doctoral - JPenailillo.pdf.txtExtracted texttext/plain319202https://repositorio.anid.cl/bitstreams/f32d2e8d-f5b6-422c-932a-f55243d93632/download2b9f7f0b5d21c101bea554dbbd5f215eMD54THUMBNAILTesis Doctoral - JPenailillo.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg3638https://repositorio.anid.cl/bitstreams/4d2dd758-ce52-4dde-b8fe-f91e761a075a/downloada44c080db7c451f0e749333de88ec9ecMD5510533/246324oai:repositorio.anid.cl:10533/2463242023-07-24 17:31:36.428http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/cl/info:eu-repo/semantics/embargoedAccesshttps://repositorio.anid.clRepositorio ANIDaletelier@anid.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