Subgenomic RNA detection in SARS-CoV-2 assessing replication and inactivation through serial passages, RT-qPCR, and electron microscopy
RNAs subgenômicos (sgRNAs) são marcadores potenciais de replicação ativa do SARS-CoV-2, servindo como moldes para a síntese de proteínas estruturais e acessórias em partículas virais infecciosas. Este estudo teve como objetivo usar RT-qPCR para quantificar sgRNA e intermediários de RNA negativo, ava...
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| Tipo de recurso: | artículo |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2025 |
| País: | Brasil |
| Institución: | Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) |
| Repositorio: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
| Idioma: | inglés |
| OAI Identifier: | oai:arca.fiocruz.br:icict/68461 |
| Acceso en línea: | https://arca.fiocruz.br/handle/icict/68461 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | SARS-CoV-2 sgRNA RT-qPCR |
| Sumario: | RNAs subgenômicos (sgRNAs) são marcadores potenciais de replicação ativa do SARS-CoV-2, servindo como moldes para a síntese de proteínas estruturais e acessórias em partículas virais infecciosas. Este estudo teve como objetivo usar RT-qPCR para quantificar sgRNA e intermediários de RNA negativo, avaliando a replicação viral em amostras de vírus inativadas por β-propiolactona (βPL). Vírus inativados submetidos a cinco passagens seriais cegas (BSs) foram amplificados por RT-qPCR usando primers para atingir o envelope (ENV) e nucleoproteínas (N1 e N2) de genes genômicos, RNA do envelope subgenômico (sgENV) e RNA do envelope intermediário (ENV-). Todos os controles positivos mostraram títulos virais consistentes entre as passagens (10 log10 cópias/mL em N1/N2 e 11 log10 cópias/mL em ENV) durante BSs. Amostras virais inativadas para alvos ENV e ENV- variaram de 11,34 log10 cópias/mL em BS1 a 11,20 log10 cópias/mL em BS5. O sgENV não foi mais detectado nas amostras inativadas de SARS-CoV-2 após a segunda passagem, sugerindo inativação bem-sucedida. A cinética de replicação mostrou perfis consistentes para alvos N1/N2, ENV e ENV- nas primeiras três horas pós-infecção (pih) e manteve aproximadamente 5 log10 cópias/mL em 1 pih, 2 pih e 3 pih. Um aumento exponencial acentuado no título viral foi observado de 24 pih em diante, atingindo o pico de 11,64 log10 cópias/mL em 48 pih. A microscopia eletrônica de transmissão confirmou partículas virais apenas em células infectadas com SARS-CoV-2 ativo. Esses resultados apoiam o uso do sgRNA como um marcador confiável para a replicação do SARS-CoV-2, especialmente na distinção entre replicação ativa e partículas não viáveis e no desenvolvimento de estratégias diagnósticas e terapêuticas. |
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