Survey of SARS-CoV-2 genetic diversity in two major Brazilian cities using a fast and affordable Sanger sequencing strategy

Variantes genéticas do SARS-CoV-2 têm surgido e circulado em muitos lugares do mundo. A detecção rápida dessas variantes é essencial, pois sua disseminação pode impactar as taxas de transmissão, os procedimentos diagnósticos, a gravidade da doença, a resposta às vacinas ou o manejo do paciente. O se...

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Bibliographic Details
Authors: Erick Gustavo Dorlass, Karine Lima Lourenço, Rubens Daniel Miserani Magalhães, Hugo Itaru Sato, Alex Fiorini de Carvalho, Renata Barbosa Peixoto, Helena Perez Coelho, Bruna Larotonda Telezynski, Guilherme Pereira Scagion, Tatiana Ometto, Luciano Matsumiya Thomazelli, Danielle Bruna Leal Oliveira Durigon, Ana Paula Salles Moura Fernandes, Edison Luiz Durigon, Flávio Guimarães da Fonseca, Santuza Maria Ribeiro Teixeira
Format: article
Status:Published version
Publication Date:2021
Country:Brasil
Institution:Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)
Repository:Repositório Institucional da UFMG
Language:English
OAI Identifier:oai:repositorio.ufmg.br:1843/82699
Online Access:https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2021.10.015
http://hdl.handle.net/1843/82699
Access Level:Open access
Keyword:Sars-Cov-2
Genetic variants
Spike
Sanger sequencing
COVID-19
Glicoproteína da espícula de coronavírus
Description
Summary:Variantes genéticas do SARS-CoV-2 têm surgido e circulado em muitos lugares do mundo. A detecção rápida dessas variantes é essencial, pois sua disseminação pode impactar as taxas de transmissão, os procedimentos diagnósticos, a gravidade da doença, a resposta às vacinas ou o manejo do paciente. O sequenciamento Sanger tem sido usado como a abordagem preferencial para a detecção de variantes entre os genótipos circulantes do vírus da imunodeficiência humana e do sarampo. Usando primers para amplificar um fragmento do genoma do SARS-CoV-2 que codifica parte da proteína Spike, mostramos que o sequenciamento Sanger nos permitiu detectar rapidamente a introdução e a disseminação de três variantes distintas do SARS-CoV-2 em duas grandes cidades brasileiras. Em ambas as cidades, após a predominância de variantes intimamente relacionadas ao vírus identificadas pela primeira vez na China, o surgimento da variante P.2 foi rapidamente seguido pela detecção da variante P1, que se tornou dominante em menos de um mês após sua primeira detecção.

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