MAGset: uma ferramenta para comparação de genomas recuperados de dados metagenômicos e sua aplicação para melhoria de suas montagens
Um MAG (metagenome-assembled genome) é um genoma recuperado de dados metagenômicos e neste trabalho referem-se sempre a genomas de organismos procariotos. Após a obtenção de um MAG, diversas análises podem ser feitas para identificar similaridades e diferenças com os genomas já publicados da mesma e...
| Autor: | |
|---|---|
| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2021 |
| País: | Brasil |
| Institución: | Universidade de São Paulo (USP) |
| Repositorio: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
| Idioma: | portugués |
| OAI Identifier: | oai:teses.usp.br:tde-16092021-090947 |
| Acceso en línea: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-16092021-090947/ |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Comparative genomics Genome assembly Genômica comparativa MAG Metagenômica Metagenomics Montagem de genomas |
| Sumario: | Um MAG (metagenome-assembled genome) é um genoma recuperado de dados metagenômicos e neste trabalho referem-se sempre a genomas de organismos procariotos. Após a obtenção de um MAG, diversas análises podem ser feitas para identificar similaridades e diferenças com os genomas já publicados da mesma espécie (quando a espécie é conhecida). Apresentamos MAGset, um software para comparar genomas e identificar especificidades em MAGs de espécies conhecidas. Essas especificidades podem ser regiões genômicas que existem somente no MAG e não existem nos genomas de referência, ou regiões que existem em um ou mais genomas de referência e não existem no MAG. Neste último caso, o módulo acessório MAGcheck permite verificar se as regiões não encontradas no MAG estão disponíveis nas amostras (reads) utilizadas na montagem do MAG, indicando um possível erro na montagem. Feita a comparação entre os genomas de interesse de forma automática pelo software, os seguintes resultados são apresentados ao usuário por meio de uma interface gráfica amigável: Matriz ANI comparando todos os genomas, pangenoma, anotações dos genes codificadores de proteína com os bancos CAZy e COG, regiões genômicas de interesse e resultado da validação do MAGcheck contra as amostras. Utilizando MAGset e MAGcheck, apresentamos os resultados de análises de 36 MAGs obtidos de diversas fontes. Os resultados obtidos com MAGcheck (obtivemos resultados em 34 MAGs) foram utilizados para realizar a remontagem dos MAGs originais, gerando melhorias na completude (24 dos 34 MAGs remontados) e no tamanho final (todos os MAGs remontados tiveram seu tamanho aumentado). |
|---|