Um novo conjunto de DNAs satélites compartilhado por todos os Characoidei (Characiformes, Teleostei)
O genoma dos organismos eucariotos apresenta uma porção repetitiva bastante expressiva, com a classe dos DNAs satélites podendo representar grande parte do DNA nuclear e, também, contribuir para a diferença do tamanho dos genomas entre diferentes espécies. Considera-se que os DNAs satélites surgem a...
| Autor: | |
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| Formato: | tesis de maestría |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2022 |
| País: | Brasil |
| Recursos: | Universidade Estadual Paulista (UNESP) |
| Repositorio: | Repositório Institucional da UNESP |
| Idioma: | portugués |
| OAI Identifier: | oai:repositorio.unesp.br:11449/236149 |
| Acesso em linha: | http://hdl.handle.net/11449/236149 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palavra-chave: | Genética animal Genômica DNA repetitivo Bioinformática Ostariophysi Genomics Bioinformatics Repetitive DNA |
| Resumo: | O genoma dos organismos eucariotos apresenta uma porção repetitiva bastante expressiva, com a classe dos DNAs satélites podendo representar grande parte do DNA nuclear e, também, contribuir para a diferença do tamanho dos genomas entre diferentes espécies. Considera-se que os DNAs satélites surgem a partir de duplicações de novo de sequências preexistentes no genoma das espécies, se disseminam, e posteriormente expandem seus arranjos, a forma em que se organizam. Esses arranjos passam por processos de homogeneização e posterior fixação de sua composição, sob o regime da evolução em concerto. Esses mecanismos evolutivos podem agir independentemente nas diferentes espécies, inclusive, agir independentemente nos diferentes arranjos dentro de um mesmo genoma, o que normalmente resulta em DNAs satélites gênero ou espécie específicos. Porém, hoje temos conhecimento de alguns casos de satélites que se mantiveram conservados em diferentes espécies distribuídas por táxons maiores, como toda uma ordem, apresentando inclusive transcrição, o que vai contra as predições da evolução em concerto em um contexto de ausência de função. Outro modelo de evolução de DNAs satélites é o da hipótese library , que prediz que grupos proximamente relacionados compartilham uma porção do conteúdo ancestral de DNAs satélites, apresentando normalmente diferenças quantitativas relativas a sua abundância no genoma. No presente estudo utilizamos a subordem dos peixes Characoidei, da ordem dos Characiformes, altamente diversa e com origem antiga, e portanto considerada ideal para verificar a existência de satélites compartilhados pelo grupo, testar a hipótese library, e analisar a ação da evolução em concerto nos satélites destas espécies. Para isto, utilizamos bibliotecas genômicas de 15 espécies de diferentes famílias da ordem dos Characiformes e realizamos análises bioinformáticas com a aplicação do TAREAN, uma ferramenta que utiliza um algoritmo de agrupamento de reads para realizar o isolamento dos DNAs satélites das espécies, além de ferramentas de montagem de novo, alinhamento e mapeamento de cópias para realizar a comparação destes satélites entre as espécies. Encontramos sete DNAs satélites presentes nas quatro superfamílias de peixes Characoidei analisadas, demonstrando o compartilhamento de satélites super conservados por toda uma subordem, o que contraria as predições da evolução em concerto, e também corroboram com a hipótese library de evolução dos DNAs satélties. |
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