História evolutiva e dinâmica demográfica de Cavia intermedia (Mammalia: Rodentia) inferida através de abordagem genômica
Populações insulares sempre tem sido objeto de interesse para estudos genéticos e ecológicos. A espécie insular Cavia intermedia é um dos mamíferos mais raros no mundo, com um tamanho de censo populacional de aproximadamente 40 indivíduos, corroborado por uma diversidade genética e tamanho populacio...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis de maestría |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2015 |
| País: | Brasil |
| Institución: | Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS) |
| Repositorio: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS |
| Idioma: | portugués |
| OAI Identifier: | oai:tede2.pucrs.br:tede/6216 |
| Acceso en línea: | http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/6216 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | ZOOLOGIA MAMÍFEROS ROEDORES FILOGENIA GENÉTICA ANIMAL CIENCIAS BIOLOGICAS::ZOOLOGIA |
| Sumario: | Populações insulares sempre tem sido objeto de interesse para estudos genéticos e ecológicos. A espécie insular Cavia intermedia é um dos mamíferos mais raros no mundo, com um tamanho de censo populacional de aproximadamente 40 indivíduos, corroborado por uma diversidade genética e tamanho populacional efetivo (Ne) extremamente baixos. Aqui, nós usamos sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição (no inglês, RAD-seq) para obter dados de sequencias ao longo do genoma de C. intermedia e sua espécie-irmã continental, C. magna, para estudar sua diversidade molecular e história demográfica. Nós geramos um total de 10 milhões de reads de 300 bp para 20 indivíduos de cada espécie. Entretanto, mesmo usando o genoma de Cavia porcellus como referência ou abordagem de novo e aplicando filtros rigoroso para qualidade e dados faltantes, apenas uma centena de loci puderam ser usados. Este conjunto final de dados gerou valores de diversidade molecular e tempo de divergência amplamente diferentes entre os métodos de análise, alguns compatíveis com estudos anteriores (e.g., Ne ~60 para C. intermedia) mas alguns com valores significativamente maiores. Nós sugerimos que para obter um conjunto de dados de alta qualidade e muito informativo seria necessário aumentar significativamente os dados de sequência bem como aplicar outras abordagens de montagem. |
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