Agaricus subrufescens: do cultivo ao genoma
Agaricus subrufescens é um cogumelo nativo do Brasil, que apresenta considerável valor nutritivo e medicinal. O cultivo em escala comercial no Brasil necessita de desenvolvimento de tecnologias apropriadas, as quais são de grande valia e utilidade em países em desenvolvimento para pequenos produtore...
| Autor: | |
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| Tipo de recurso: | tesis doctoral |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2023 |
| País: | Brasil |
| Institución: | Universidade Federal de Lavras (UFLA) |
| Repositorio: | Repositório Institucional da UFLA |
| Idioma: | portugués |
| OAI Identifier: | oai:repositorio.ufla.br:1/58533 |
| Acceso en línea: | https://repositorio.ufla.br/handle/1/58533 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | Microbiologia Agrícola Agaricus subrufescens Bacillus Basidiomicetos Sequenciamento híbrido de DNA Genoma completo Basidiomycetes Hybrid DNA sequencing Chromosome-scale genome assembly |
| Sumario: | Agaricus subrufescens é um cogumelo nativo do Brasil, que apresenta considerável valor nutritivo e medicinal. O cultivo em escala comercial no Brasil necessita de desenvolvimento de tecnologias apropriadas, as quais são de grande valia e utilidade em países em desenvolvimento para pequenos produtores de cogumelos. Um dos objetivos deste trabalho foi promover maior seletividade do substrato de cultivo adicionado de bactérias do gênero Bacillus, e analisar a produtividade e eficiência biológica do cogumelo Agaricus subrufescens ABL 04/49. Os resultados mostraram que os aditivos microbiológicos adicionados ao 8o dia de compostagem, podem ser usados como uma alternativa, sem a fase de condicionamento, no cultivo de A. subrufescens para acelerar a maturação do composto, diminuir o tempo de compostagem, aumentar a produtividade e produzir composto de cogumelos em pequena escala por pequenos produtores de cogumelos. Sabe-se que cogumelo do sol apresenta tempo de vida útil curto, e os cogumelos escurecem rapidamente (processo conhecido como browning), gerando perdas pós-colheita caso não forem desidratados rapidamente, tornando-o bastante restrito a mercados de consumo em forma de cápsulas, que apresentam preços elevados. Desta forma, a mudança deste quadro está no aumento da potencialidade de consumo desse cogumelo in-natura como alimento, e por esta razão destaca-se a importância de ter seu genoma sequenciado e estudado, com a finalidade de revelar possíveis novas alternativas a serem empregadas em seu cultivo, a fim de se evitar ou retardar o processo de browning. O sequenciamento do genoma de A. subrufescens ABL04/49 foi executado utilizando estratégia híbrida, combinando-se leituras curtas obtidas por Illumina (short-reads) e leituras maiores obtidas pela tecnologia GridION (long-reads). O genoma de A. subrufescens linhagem ABL 04/49, obtido nesse trabalho, contém 13 cromossomos e mais 31 scaffolds livres, totalizando 44,5Mb, apresentando completude BUSCO de (96,5%), conteúdo GC de 47,24 % e 1.48% de heterozigosidade. Um total de 14.332 genes codificadores de proteínas foram identificados, sendo que 64.6% (27.875.936 bp) do genoma está coberto por genes e 23,41% corresponde a elementos transponíveis, representando um total de 9.793.453 pb. O mitogenoma foi completamente montado e circularizado, resultando em 131.367 kbp e codificando 14 genes. A anotação foi melhorada utilizando dados públicos de RNAseq provenientes da linhagem JSR3 de Agaricus subrufescens provenientes de diferentes estágios de desenvolvimento (micélio, corpo de frutificação e primórdio) disponíveis no GenBank. Um total de 4 PPO (polifenolxidases) foram identificadas em A. subrufescens ABL04/49 e se encontram distribuídas principalmente no cromossomo VII (3 cópias) e no cromossomo IX (1 cópia). O locus Mating-type (MAT) foi elucidado e se encontra localizado no cromossomo 1 mostrando os genes mip e β-fg os quais flanqueiam os fatores de transcrição do homeodomínio (HD) envolvidos no acasalamento. As análises filogenômicas colocaram corretamente A. subrufescens situado no clado de Agaricomicetos. Todos os resultados obtidos, foram resumidos e disponibilizados através de Genome Browser disponibilizados em um link, sendo ferramenta útil para apoiar outros estudos genômicos em fungos. Este estudo apresenta o primeiro rascunho do genoma da espécie de Cogumelo do Sol Agaricus subrufescens linhagem ABL 04/49, fornecendo um valioso recurso genômico que poderá ser empregado para o melhoramento desta importante espécie. |
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