Análisis de conglomerados en la identificación de estructura genética a partir de datos de marcadores moleculares
En el contexto de abundante información genómica, como la producida a partir de marcadores moleculares basados en ADN, es de interés identifi car la estructura genética subyacente en un conjunto de individuos, previo al análisis de asociación entre expresión de marcadores y fenotipo. Cuando existen...
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| Tipo de recurso: | artículo |
| Estado: | Versión publicada |
| Fecha de publicación: | 2010 |
| País: | Argentina |
| Institución: | Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas |
| Repositorio: | CONICET Digital (CONICET) |
| Idioma: | español |
| OAI Identifier: | oai:ri.conicet.gov.ar:11336/188022 |
| Acceso en línea: | http://hdl.handle.net/11336/188022 |
| Access Level: | acceso abierto |
| Palabra clave: | CONGLOMERADOS JERÁRQUICOS CONGLOMERADOS NO JERÁRQUICOS MAPAS AUTO-ORGANIZATIVOS CONGLOMERADO BAYESIANO MODELOS DE MIGRACIÓN https://purl.org/becyt/ford/4.4 https://purl.org/becyt/ford/4 |
| Sumario: | En el contexto de abundante información genómica, como la producida a partir de marcadores moleculares basados en ADN, es de interés identifi car la estructura genética subyacente en un conjunto de individuos, previo al análisis de asociación entre expresión de marcadores y fenotipo. Cuando existen subgrupos de individuos que difi eren sistemáticamente en las frecuencias alélicas de sus marcadores, se origina una estructura genética que, de no ser considerada, incrementa el riesgo de detectar asociaciones espurias entre marcadores y fenotipo. Diversos métodos estadísticos son utilizados para determinar la agrupación de individuos desde datos de marcadores moleculares que producen información discreta multidimensional, entre ellos métodos basados en algoritmos de conglomerados jerárquicos (UPGMA), conglomerados no jerárquicos (K-means), redes neuronales como los mapas auto-organizativos (SOM) y métodos de conglomerados bayesianos. En este trabajo comparamos la capacidad de tales algoritmos para detectar subpoblaciones (conglomerados genéticos) bajo dos escenarios biológicos de estructura poblacional: modelo de islas y modelo de contacto. Los algoritmos de conglomerado fueron evaluados simultáneamente usando conjuntos de datos de marcadores moleculares de expresión binaria simulados bajo ambos modelos biológicos. El método de conglomeración bayesiano fue el que mejor identifi có, entre los evaluados, las subpoblaciones simuladas bajo el modelo de migración de islas. Para el modelo de contacto la identifi cación de subgrupos fue difícil con cualquiera de los cuatro algoritmos de conglomeración evaluados. |
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