Virus del papiloma humano tipo 16 con una deleción de 2.4 kilobases

"Los genomas de virus del papiloma humano (VPH) que infectan células epiteliales del cuello del útero se replican como episomas de DNA circular de cadena doble de ~7,900 pares de bases (pb). Al cuantificar la carga de los genes virales E2 y E6 nuestro laboratorio obtuvo evidencia indirecta de q...

Full description

Bibliographic Details
Author: CINTHYA ALEJANDRA RODRIGUEZ ORTIZ
Format: master thesis
Status:Published version
Publication Date:2013
Country:México
Institution:Instituto Potosino de Investigación Científica y Tecnológica
Repository:Repositorio Institucional del IPICYT
Language:Spanish
OAI Identifier:oai:ipicyt.repositorioinstitucional.mx:1010/654
Online Access:http://ipicyt.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1010/172
http://ipicyt.repositorioinstitucional.mx/jspui/handle/1010/654
Access Level:Open access
Keyword:info:eu-repo/classification/Autor/Deleción genómica
info:eu-repo/classification/Autor/Infección unica
info:eu-repo/classification/Autor/PCR de largo alcance
info:eu-repo/classification/Autor/Amplificación por circulo rodante
info:eu-repo/classification/Autor/VPH16,Particulas defectuosas interferentes
info:eu-repo/classification/cti/2
info:eu-repo/classification/cti/24
info:eu-repo/classification/cti/2415
Description
Summary:"Los genomas de virus del papiloma humano (VPH) que infectan células epiteliales del cuello del útero se replican como episomas de DNA circular de cadena doble de ~7,900 pares de bases (pb). Al cuantificar la carga de los genes virales E2 y E6 nuestro laboratorio obtuvo evidencia indirecta de que en las infecciones del cérvix ocurren deleciones aleatorias del genoma de VPH tipo 16 (VPH16). Mediante amplificación por círculo rodante (RCA, rolling circle amplification) los episomas circulares pueden ser copiados como concatémeros lineales -moléculas de DNA constituidas por múltiples copias en tándem de los genomas monoméricos- y el análisis electroforético de los monómeros lineales liberados de los concatémeros por restricción con endonucleasas que reconocen un sitio único podrían distinguirse deleciones genómicas (i.e., copias de tamaño menor al silvestre unitario). Los concatémeros generados mediante RCA también podrían servir de molde para aumentar la amplificación de genomas lineales unitarios mediante PCR de largo alcance (LPCR) con parejas de oligonucleótidos iniciadores divergentes tipo-específicos. MÉTODOS. En este estudio probamos si la RCA seguida de restricción con Bam HI —para la cual hay un sitio único en el genoma de VPH16— o seguida de LPCR –empleando una pareja de oligos divergentes VPH16-específicos y localizados respectivamente al final de la región larga de control y al principio del ORF E6 del genoma de VPH16— permite identificar deleciones de VPH16 en raspados cervicales con infección única por VPH16 diagnosticados mediante PCR multiplex anidada (PCRMA) del oncogén viral E6. RESULTADOS. Después de restringir con Bam HI los concatémeros generados por RCA a partir del DNA de ocho raspados cervicales VPH16-positivos, sólo uno generó productos de amplificación con dos bandas, de 5.5 kilobases (kb) y >10 kb. Al emplearlas por separado en la PCRMA, la banda de 5.5 kb generó el amplicón esperado para VPH16 y la >10 kb los amplicones de VPH16 y VPH18. Dos de las tres mezclas de LPCR con concatémeros preamplificados por RCA —a partir de tres raspados cervicales adicionales VPH16-positivos— dieron la banda única de ~7.9 kb esperada para genomas de VPH16 completos. CONCLUSIONES. El raspado con la banda de 5.5 kb está infectado por una deleción de VPH16 de ~2.4 kb que no afecta el oncogén E6, el sitio Bam HI y la secuencia de los iniciadores divergentes VPH16-específicos."

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