BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literature

Current biomedical research needs to leverage the large amount of information reported in scientific publications. Automated text processing, commonly known as text mining, has become an indispensable tool to identify, extract, organize and analyze the relevant biomedical information from the litera...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor: Bravo Serrano, Àlex
Tipo de recurso: tesis doctoral
Estado:Versión publicada
Fecha de publicación:2016
País:España
Institución:CBUC, CESCA
Repositorio:TDR. Tesis Doctorales en Red
OAI Identifier:oai:www.tdx.cat:10803/398300
Acceso en línea:http://hdl.handle.net/10803/398300
Access Level:acceso abierto
Palabra clave:Text mining
Natural language processing
Named entity recognition
Relation extraction
Information extraction
Mineria de text
Processament de llenguatge natural
Reconeixement d'entitats
Extracció de relacions
Extracció d'informació
573
id ES_7491e27d424f0249bbf09b8f175e4cfb
oai_identifier_str oai:www.tdx.cat:10803/398300
network_acronym_str ES
network_name_str España
repository_id_str
spelling BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literatureBravo Serrano, ÀlexText miningNatural language processingNamed entity recognitionRelation extractionInformation extractionMineria de textProcessament de llenguatge naturalReconeixement d'entitatsExtracció de relacionsExtracció d'informació573Current biomedical research needs to leverage the large amount of information reported in scientific publications. Automated text processing, commonly known as text mining, has become an indispensable tool to identify, extract, organize and analyze the relevant biomedical information from the literature. This thesis presents the BeFree system, a text mining tool for the extraction of biomedical information to support research in the genetic basis of disease and drug toxicity. BeFree can identify entities such as genes and diseases from a vast repository of biomedical text sources. Furthermore, by exploiting shallow and deep syntactic information of text, BeFree detects relationships between genes, diseases and drugs with a performance comparable to the state-of-the-art. As a result, BeFree has been used in various applications in the biomedical field, with the aim to provide structured biomedical information for the development of knowledge and corpora resources. Furthermore, these resources are available to the scientific community for the development of novel text mining toolsAvui dia, la recerca biomèdica ha d'aprofitar i explotar la gran quantitat d'informació inclosa en publicacions científiques. El processament automàtic de text, habitualment conegut com mineria de text o text mining, és una eina essencial per tal d'identificar, extreure, organitzar i analitzar la informació biomèdica més rellevant de la literatura. Aquesta tesi presenta el sistema BeFree, una eina de text mining per l’extracció d’informació biomèdica per donar suport a la recerca de les bases genètiques de les malalties i la toxicitat de fàrmacs. BeFree pot identificar gens i malalties des d’un gran repositori de text biomèdic. D’altra banda, mitjançant informació lingüística continguda al text, BeFree pot detectar relacions entre gens, malalties i fàrmacs amb uns resultats comparables a l’estat de l’art. Com a resultat, BeFree ha sigut utilitzat en diverses aplicacions del camp biomèdic, amb l’objectiu d’oferir informació biomèdica estructurada pel desenvolupament de recursos com base de dades i corpora. A més, aquests recursos estan disponibles per la comunitat científica pel desenvolupament de noves eines de text mining.Programa de doctorat en BiomedicinaUniversitat Pompeu FabraFurlong, Laura I.Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut201620162016info:eu-repo/semantics/doctoralThesisinfo:eu-repo/semantics/publishedVersion220 p.application/pdfapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10803/398300TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)reponame:TDR. Tesis Doctorales en Redinstname:CBUC, CESCAInglésADVERTIMENT. L'accés als continguts d'aquesta tesi doctoral i la seva utilització ha de respectar els drets de la persona autora. Pot ser utilitzada per a consulta o estudi personal, així com en activitats o materials d'investigació i docència en els termes establerts a l'art. 32 del Text Refós de la Llei de Propietat Intel·lectual (RDL 1/1996). Per altres utilitzacions es requereix l'autorització prèvia i expressa de la persona autora. En qualsevol cas, en la utilització dels seus continguts caldrà indicar de forma clara el nom i cognoms de la persona autora i el títol de la tesi doctoral. No s'autoritza la seva reproducció o altres formes d'explotació efectuades amb finalitats de lucre ni la seva comunicació pública des d'un lloc aliè al servei TDX. Tampoc s'autoritza la presentació del seu contingut en una finestra o marc aliè a TDX (framing). Aquesta reserva de drets afecta tant als continguts de la tesi com als seus resums i índexs.info:eu-repo/semantics/openAccessoai:www.tdx.cat:10803/3983002026-06-14T12:46:07Z
dc.title.none.fl_str_mv BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literature
title BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literature
spellingShingle BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literature
Bravo Serrano, Àlex
Text mining
Natural language processing
Named entity recognition
Relation extraction
Information extraction
Mineria de text
Processament de llenguatge natural
Reconeixement d'entitats
Extracció de relacions
Extracció d'informació
573
title_short BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literature
title_full BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literature
title_fullStr BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literature
title_full_unstemmed BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literature
title_sort BeFree : a text mining system for the extraction of biomedical information from literature
dc.creator.none.fl_str_mv Bravo Serrano, Àlex
author Bravo Serrano, Àlex
author_facet Bravo Serrano, Àlex
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Furlong, Laura I.
Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut
dc.subject.none.fl_str_mv Text mining
Natural language processing
Named entity recognition
Relation extraction
Information extraction
Mineria de text
Processament de llenguatge natural
Reconeixement d'entitats
Extracció de relacions
Extracció d'informació
573
topic Text mining
Natural language processing
Named entity recognition
Relation extraction
Information extraction
Mineria de text
Processament de llenguatge natural
Reconeixement d'entitats
Extracció de relacions
Extracció d'informació
573
description Current biomedical research needs to leverage the large amount of information reported in scientific publications. Automated text processing, commonly known as text mining, has become an indispensable tool to identify, extract, organize and analyze the relevant biomedical information from the literature. This thesis presents the BeFree system, a text mining tool for the extraction of biomedical information to support research in the genetic basis of disease and drug toxicity. BeFree can identify entities such as genes and diseases from a vast repository of biomedical text sources. Furthermore, by exploiting shallow and deep syntactic information of text, BeFree detects relationships between genes, diseases and drugs with a performance comparable to the state-of-the-art. As a result, BeFree has been used in various applications in the biomedical field, with the aim to provide structured biomedical information for the development of knowledge and corpora resources. Furthermore, these resources are available to the scientific community for the development of novel text mining tools
publishDate 2016
dc.date.none.fl_str_mv 2016
2016
2016
dc.type.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
info:eu-repo/semantics/publishedVersion
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.none.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10803/398300
url http://hdl.handle.net/10803/398300
dc.language.none.fl_str_mv Inglés
language_invalid_str_mv Inglés
dc.rights.none.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv 220 p.
application/pdf
application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Universitat Pompeu Fabra
publisher.none.fl_str_mv Universitat Pompeu Fabra
dc.source.none.fl_str_mv TDX (Tesis Doctorals en Xarxa)
reponame:TDR. Tesis Doctorales en Red
instname:CBUC, CESCA
instname_str CBUC, CESCA
reponame_str TDR. Tesis Doctorales en Red
collection TDR. Tesis Doctorales en Red
repository.name.fl_str_mv
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1869410917042618368
score 15,300719

Similares en LA Referencia